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gCrisprTools
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DOI:10.18129 / B9.bioc.gCrisprTools
套功能汇集Crispr屏幕质量控制和分析
Bioconductor版本:版本(3.5)
的工具集来评估集中大规模筛选实验中,通常采用CRISPR磁带/ Cas9或成分表达式。包含的方法询问图书馆和磁带的行为在一个实验中,确定不同的丰富的磁带,聚合信号识别候选目标的实证验证,假设检验和全面的报告。
作者:拉塞尔•贝恩Dariusz Ratman皮特·哈,史蒂夫Lianoglou
维修工:拉塞尔·贝恩<哈。彼得在gene.com >
从内部引用(R,回车引用(“gCrisprTools”)):
安装
安装这个包,开始R和输入:
# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“gCrisprTools”)
文档
| HTML | R脚本 | Example_Workflow_gCrisprTools |
| HTML | R脚本 | gCrisprTools_Vignette |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | BiomedicalInformatics,CRISPR,CellBiology,DifferentialExpression,ExperimentalDesign,FunctionalGenomics,GeneSetEnrichment,遗传学,MultipleComparison,归一化,遗传药理学,药物基因组学,PooledScreens,预处理,质量控制,RNASeq,回归,软件,SystemsBiology,可视化 |
| 版本 | 1.4.0 |
| Bioconductor自 | BioC 3.4 (r - 3.3)(1年) |
| 许可证 | 艺术- 2.0 |
| 取决于 | R (> = 3.3) |
| 进口 | Biobase,limma,RobustRankAggreg,ggplot2,PANTHER.db,rmarkdowngrDevices图形,统计,跑龙套,平行 |
| 链接 | |
| 建议 | 刨边机,knitr、网格AnnotationDbi,org.Mm.eg.db,org.Hs.eg.db,RUnit,BiocGenerics |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | gCrisprTools_1.4.0.tar.gz |
| Windows二进制 | gCrisprTools_1.4.0.zip |
| Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦) | gCrisprTools_1.4.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/gCrisprTools |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/gCrisprTools/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
