# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“ensembldb”)

DOI:10.18129 / B9.bioc.ensembldb

实用工具来创建和使用Ensembl-based注释数据库

Bioconductor版本:版本(3.5)

包提供的功能包括创建和使用记录为中心的注释数据库/包。数据库的注释是直接从运用用Perl获取API。功能和数据相似GenomicFeatures TxDb包的包,但是,除了检索所有基因/记录从数据库模型和注释,ensembldb包还提供了一个过滤器框架允许检索等特定条目的注释基因编码的染色体区域或记录模型lincRNA基因。

作者:约翰Rainer <约翰内斯。在eurac.edu rainer >with contributions from Tim Triche and Christian Weichenberger.

维护人员:约翰Rainer <约翰内斯。在eurac.edu rainer >

安装

安装这个包,开始R和输入:

# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“ensembldb”)

文档

HTML	R脚本	生成一个使用基于运用注释包
HTML	R脚本	查询蛋白质特性
HTML	R脚本	使用一个MySQL服务器的后端
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	AnnotationData,报道,遗传学,测序,软件
版本	2.0.4
Bioconductor自	BioC 3.1 (r - 3.2)(2.5年)
许可证	LGPL
取决于	BiocGenerics(> = 0.15.10),GenomicRanges(> = 1.23.21),GenomicFeatures(> = 1.23.18),AnnotationFilter(> = 0.99.7)
进口	方法,RSQLite(> = 1.1),DBI,Biobase,GenomeInfoDb,AnnotationDbi(> = 1.31.19),rtracklayer,S4Vectors,AnnotationHub,Rsamtools,IRanges,ProtGenerics,Biostrings,旋度
链接
建议	BiocStyle,knitr,rmarkdown,EnsDb.Hsapiens.v75(> = 0.99.8),闪亮的,testthat,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,ggbio(> = 1.24.0),Gviz(> = 1.20.0)
SystemRequirements
增强了	RMySQL
URL	https://github.com/jotsetung/ensembldb
BugReports	https://github.com/jotsetung/ensembldb/issues
取决于我	AHEnsDbs,chimeraviz,EnsDb.Hsapiens.v75,EnsDb.Hsapiens.v79,EnsDb.Hsapiens.v86,EnsDb.Mmusculus.v75,EnsDb.Mmusculus.v79,EnsDb.Rnorvegicus.v75,EnsDb.Rnorvegicus.v79
进口我	biovizBase,ChIPpeakAnno,epivizrData,ggbio,Pbase,TVTB
建议我	高山,wiggleplotr
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	ensembldb_2.0.4.tar.gz
Windows二进制	ensembldb_2.0.4.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	ensembldb_2.0.4.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ensembldb
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ensembldb/
包下载报告	下载数据