要安装这个包,启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持来源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“edge”)

在大多数情况下,您根本不需要下载包存档。

边缘

DOI:10.18129 / B9.bioc.edge

差异基因表达的提取

Bioconductor版本:Release (3.5)

边缘包实现了用于进行全基因组基因表达研究的差异表达分析的方法。使用最佳发现程序和广义似然比检验(相当于f检验和t检验)对一般研究设计进行显著性检验。特殊功能可用于方便分析常见的研究设计,包括时间课程实验。edge还集成了其他包,如snm、sva和qvalue,为基因表达分析提供了广泛的工具。

作者:John D. Storey, Jeffrey T. Leek和Andrew J. Bass

维护者:John D. Storey , Andrew J. Bass

引文(从R内,输入引用(“边缘”)):

安装

要安装这个包,启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持来源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“edge”)

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“边缘”)

PDF R脚本 包边
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews DataImportDifferentialExpressionGeneExpressionMultipleComparison回归软件TimeCourse
版本 2.8.0
在Bioconductor BioC 3.1 (R-3.2)(2.5年)
许可证 MIT +文件许可
取决于 R (>= 3.1.0),Biobase
进口 方法、样条函数股东价值分析球形结构稻草人qvalue(> = 1.99.0),质量
链接
建议 testthatknitrggplot2reshape2
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/jdstorey/edge
BugReports https://github.com/jdstorey/edge/issues
全靠我
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 edge_2.8.0.tar.gz
Windows二进制 edge_2.8.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan) edge_2.8.0.tgz
源库 Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/edge
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/edge/
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