要安装这个包,启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“easyRNASeq”)

在大多数情况下,您根本不需要下载包存档。

easyRNASeq

DOI:10.18129 / B9.bioc.easyRNASeq

RNA-Seq数据计数汇总和归一化

Bioconductor版本:Release (3.5)

针对参考基因组计算高通量短读的覆盖范围,并根据感兴趣的特征(例如外显子,基因,转录本)进行汇总。数据可以规范化为“RPKM”或“DESeq”或“edgeR”包。

作者:Nicolas Delhomme, Ismael Padioleau, Bastian Schiffthaler, Niklas Maehler

维护者:Nicolas Delhomme < Nicolas . Delhomme at umu.se>

引文(从R内,输入引用(“easyRNASeq”)):

安装

要安装这个包,启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“easyRNASeq”)

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“easyRNASeq”)

PDF R脚本 easyRNASeq
超文本标记语言 R脚本 geneNetworkR
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews GeneExpression遗传学预处理RNASeq软件
版本 2.12.1
在Bioconductor BioC 2.10 (R-2.15)(5.5年)
许可证 艺术- 2.0
取决于
进口 Biobase(> = 2.31.3),BiocGenerics(> = 0.17.2),BiocParallel(> = 1.5.1),biomaRt(> = 2.27.2),Biostrings(> = 2.39.3),DESeq(> = 1.23.0),刨边机(> = 3.13.4),GenomeInfoDb(> = 1.7.3),genomeIntervals(> = 1.27.0),GenomicAlignments(> = 1.7.3),GenomicRanges(> = 1.23.16),SummarizedExperiment(>= 1.1.11),图形,IRanges(> = 2.5.27),迷幻药(> = 3.0),locfit,方法,并行,Rsamtools(> = 1.23.1),S4Vectors(> = 0.9.38),ShortRead(>= 1.29.1), utils
链接
建议 BiocStyle(> = 1.9.2),BSgenome(> = 1.39.0),BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3(> = 1.4.0),旋度GenomicFeatures(> = 1.23.15),knitrrmarkdownRnaSeqTutorial(> = 0.9.0),RUnit(> = 0.4.31)
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我 RnaSeqTutorial
进口我 msgbsR
建议我 SeqGSEA
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 easyRNASeq_2.12.1.tar.gz
Windows二进制 easyRNASeq_2.12.1.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan) easyRNASeq_2.12.1.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/easyRNASeq
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/easyRNASeq/
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