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DOI:10.18129 / B9.bioc.dexus

DEXUS——确定微分表达式RNA-Seq研究未知条件或没有复制

Bioconductor版本:版本(3.5)

DEXUS RNA-Seq数据中识别差异表达基因在所有可能的研究设计,比如研究没有复制,没有样本组,和未知的条件。DEXUS作品也为已知条件,例如RNA-Seq数据与两个或多个条件。RNA-Seq读计数数据可以提供S4类计数数据集和阅读数矩阵。差异表达成绩单可以可视化的热图,未知的条件下,复制和样品组也表示。这个软件是快速自核心算法是非常大的数据集,用c语言编写的并行版本DEXUS在这个包中提供。DEXUS选择是一种统计模型,在贝叶斯框架由一个EM算法。DEXUS不需要复制检测差异表达成绩单、自复制(或条件)估计的EM方法为每一个记录。该方法提供了一个信息/欠值提取差异表达记录在一个预期的显著性水平或权力。

作者:京特·Klambauer

维护人员:京特·Klambauer < Klambauer在bioinf.jku.at >

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PDF	R脚本	dexus:手动R包
PDF		参考手册

细节

biocViews	CellBiology,分类,DifferentialExpression,GeneExpression,质量控制,RNASeq,测序,软件
版本	1.16.0
Bioconductor自	BioC 2.12 (r - 3.0)(4.5年)
许可证	LGPL (> = 2.0)
取决于	R(> = 2.15),方法,BiocGenerics
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链接
建议	平行,statmod统计数据,DESeq,RColorBrewer
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包档案

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源包	dexus_1.16.0.tar.gz
Windows二进制	dexus_1.16.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	dexus_1.16.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/dexus
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/dexus/
包下载报告	下载数据