##如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“deepSNV”)

DOI:10.18129 / B9.bioc.deepSNV

深度测序数据中亚克隆snv的检测。

Bioconductor版本:Release (3.5)

该包提供了定量变异调用者检测亚克隆突变超深(>=100x覆盖)测序实验。deepSNV算法用于与相同位点的对照实验进行比较设置，并使用beta二项模型和似然比检验来区分测序错误和亚克隆snv。shearwater算法基于β -二项模型计算贝叶斯分类器，用于多样本变量调用，以精确估计模型参数，如局部错误率和弥散和先验知识，例如从变异数据库，如COSMIC。

作者:Niko Beerenwinkel [ths]， David Jones [ctb]， Inigo Martincorena [ctb]， Moritz gerthorn [aut, cre]

维护者:Moritz gersting < Moritz。在ebi.ac.uk gerstung >

安装

要安装这个软件包，请从R开始，然后输入:

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文档

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browseVignettes(“deepSNV”)

PDF	R脚本	用于深测序实验中检测低频变异的R包
PDF	R脚本	利用海鸥多样本和先验知识的亚克隆变异呼叫
超文本标记语言	R脚本	海鸥毫升
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport,GeneticVariability,遗传学,单核苷酸多态性,测序,软件
版本	1.22.0
Bioconductor自	BioC 2.10 (R-2.15)(5.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R(>= 2.13.0)，方法，图形，并行，Rhtslib,IRanges,GenomicRanges,SummarizedExperiment,Biostrings,VGAM,VariantAnnotation(> = 1.13.44)
进口	Rhtslib
链接	Rhtslib
建议	RColorBrewer,knitr
SystemRequirements
增强了
URL	http://github.com/gerstung-lab/deepSNV
取决于我
进口我
建议我	GenomicFiles
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	deepSNV_1.22.0.tar.gz
Windows二进制	deepSNV_1.22.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/deepSNV
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/deepSNV/
包下载报告	下载数据