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DOI:10.18129 / B9.bioc.dada2

从扩增子测序数据准确、高分辨率样本推断

Bioconductor版本:版本(3.5)

dada2包推断精确的序列变异(sv)扩增子数据,替换的粗糙和不准确OTU聚类方法。dada2管道需要去复用fastq文件作为输入和输出序列变异及其sample-wise丰度后删除替换和嵌合体错误。分类分类是可以通过一个本地RDP朴素贝叶斯分类器的实现。

作者:< benjamin.j本杰明·卡拉汉。卡拉汉在gmail.com >,Paul McMurdie, Susan Holmes

维修工:本杰明·卡拉汉< benjamin.j。卡拉汉在gmail.com >

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文档

HTML	R脚本	介绍dada2
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文本		新闻

细节

biocViews	分类,宏基因组,微生物组,测序,软件
版本	1.4.0
Bioconductor自	BioC 3.3 (r - 3.3)(1.5年)
许可证	LGPL-3
取决于	R (> = 3.2.0),Rcpp(> = 0.11.2)、方法(> = 3.2.0)
进口	Biostrings(> = 2.32.1),ggplot2(> =魅惑,data.table(> = 1.9.4),reshape2(> = 1.4.1),ShortRead(> = 1.24.0),RcppParallel安装(> = 4.3.0)、平行(> = 3.2.0)
链接	Rcpp,RcppParallel
建议	BiocStyle,knitr,rmarkdown
SystemRequirements	GNU使
增强了
URL	http://benjjneb.github.io/dada2/
BugReports	https://github.com/benjjneb/dada2/issues
取决于我
进口我
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	dada2_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	dada2_1.4.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	dada2_1.4.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/dada2
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/dada2/
包下载报告	下载数据