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DOI:10.18129 / B9.bioc.customProDB

从门店数据生成定制的蛋白质数据库,重点RNA-Seq数据,为蛋白质组学搜索

Bioconductor版本:版本(3.5)

数据库搜索是最广泛使用的方法大规模spectrometry-based肽和蛋白质鉴定的蛋白质组学研究。我们之前的研究表明,sample-specific蛋白质数据库来源于RNA-Seq数据可以更好的近似真实的蛋白质样品池,从而提高蛋白质的鉴定。单核苷酸的变化,更重要的是,短暂的插入和删除,小说从RNA-Seq数据连接识别蛋白质数据库更加完整和sample-specific。在这里,我们报告一个R包customProDB,使简单的蛋白质组学从RNA-Seq代定制数据库数据搜索。这项工作的桥梁基因组学和蛋白质组学研究和促进cross-omics数据集成。

作者:小菁王

维护人员:小菁王<小菁。王在bcm.edu >

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细节

biocViews	AlternativeSplicing,MassSpectrometry,蛋白质组学,RNASeq,单核苷酸多态性,软件,转录
版本	1.16.0
Bioconductor自	BioC 2.13 (r - 3.0)(4年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.0.1),IRanges,AnnotationDbi,biomaRt
进口	S4Vectors(> = 0.9.25),IRanges,GenomeInfoDb,GenomicRanges,Rsamtools(> = 1.10.2),GenomicAlignments,Biostrings(> = 2.26.3之前),GenomicFeatures(> = 1.17.13),biomaRt(> = 2.17.1),stringr,RCurl,plyr,VariantAnnotation(> = 1.13.44),rtracklayer,RSQLite,AnnotationDbi,AhoCorasickTrie、方法
链接
建议	BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我	PGA
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	customProDB_1.16.0.tar.gz
Windows二进制	customProDB_1.16.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	customProDB_1.16.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/customProDB
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/customProDB/
包下载报告	下载数据