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crlmm
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DOI:10.18129 / B9.bioc.crlmm
基因型(CRLMM)和拷贝数分析工具呼吁Affymetrix SNP 5.0和6.0和Illumina公司数组
Bioconductor版本:版本(3.5)
更快的实现CRLMM特定于SNP 5.0和6.0数组,以及拷贝数工具具体到5.0,6.0,和Illumina公司平台。
作者:Benilton卡瓦略,罗伯特•Scharpf马特•里奇Ingo Ruczinski,拉斐尔•伊
在由维护者:Benilton年代卡瓦略< Benilton。br >,罗伯特Scharpf < rscharpf jhsph.edu >,马特·里奇在wehi.EDU.AU > < mritchie
从内部引用(R,回车引用(“crlmm”)):
安装
安装这个包,开始R和输入:
# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“crlmm”)
文档
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browseVignettes (“crlmm”)
| 拷贝数估计 | ||
| crlmm装饰图案,下游分析 | ||
| R脚本 | crlmm装饰图案——基因分型 | |
| 基础设施进行拷贝数分析 | ||
| 拷贝数小品文的概述 | ||
| 预处理和pcr Illumina公司数组的拷贝数分析 | ||
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | CopyNumberVariation,微阵列,预处理,单核苷酸多态性,软件 |
| 版本 | 1.34.0 |
| Bioconductor自 | BioC 2.4 (r - 2.9)(8.5年) |
| 许可证 | 艺术- 2.0 |
| 取决于 | R (> = 2.14.0),oligoClasses(> = 1.21.12),preprocessCore(> = 1.17.7) |
| 进口 | 方法,Biobase(> = 2.15.4),BiocGenerics,affyio(> = 1.23.2),illuminaio,椭圆,mvtnorm样条函数、统计数据SNPchip跑龙套,晶格,ff,foreach,RcppEigen(> = 0.3.1.2.1),matrixStats,VGAM、并行、图形limma,beanplot |
| 链接 | preprocessCore(> = 1.17.7) |
| 建议 | hapmapsnp6,genomewidesnp6Crlmm(> = 1.0.7),GGdata,snpStats,RUnit |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | |
| 取决于我 | |
| 进口我 | VanillaICE |
| 建议我 | ArrayTV,hapmap370k,oligoClasses,SNPchip |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | crlmm_1.34.0.tar.gz |
| Windows二进制 | crlmm_1.34.0.zip(32位和64位) |
| Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦) | crlmm_1.34.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/crlmm |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/crlmm/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
