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clonotypeR
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DOI:10.18129 / B9.bioc.clonotypeR
高通量分析T细胞抗原受体序列
Bioconductor版本:版本(3.5)
高通量分析T细胞抗原受体T细胞受体基因编码序列是由体细胞重组,产生巨大的V, (D)和J段。额外的流程重组过程中创建额外的序列多样性之间的V J段。总的来说,这hyper-variable地区称为CDR3上循环。这个包的目的是处理和定量分析数百万V-CDR3-J组合,称为clonotypes,来自多个序列库。
作者:查尔斯·普莱西<普莱西在riken.jp >
维护人员:查尔斯·普莱西<普莱西在riken.jp >
从内部引用(R,回车引用(“clonotypeR”)):
安装
安装这个包,开始R和输入:
# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“clonotypeR”)
文档
| HTML | R脚本 | clonotypeR用户指南 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 自述 | |
| 文本 | 新闻 | |
| 文本 | 许可证 |
细节
| biocViews | 测序,软件 |
| 版本 | 1.14.0 |
| Bioconductor自 | BioC 2.13 (r - 3.0)(4年) |
| 许可证 | 文件许可 |
| 取决于 | |
| 进口 | 方法 |
| 链接 | |
| 建议 | BiocGenerics,刨边机,knitr,pvclust,RUnit,素食主义者 |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | http://clonotyper.branchable.com/ |
| BugReports | http://clonotyper.branchable.com/Bugs/ |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | clonotypeR_1.14.0.tar.gz |
| Windows二进制 | clonotypeR_1.14.0.zip |
| Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦) | clonotypeR_1.14.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/clonotypeR |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/clonotypeR/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
