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DOI:10.18129 / B9.bioc.biosvd

包高通量数据处理、异常值检测、噪声去除和动态建模

Bioconductor版本:版本(3.5)

biosvd包包含函数来减少输入数据集的特性分析空间减少eigenfeature对角化的x eigenassay空间,与eigenfeatures eigenassays独特的正交叠加特性和化验,分别。计算结果应用于数据随后可以检查基于生成的图表,如eigenfeature x的热图分析矩阵和一个酒吧与所有eigenfeatures eigenexpression分数的阴谋。这些图表帮助决定哪些eigenfeatures eigenassays过滤(即。,eigenfeatures代表稳态、噪音或实验工件;或者当应用于数据的方差,eigenfeatures代表steady-scale方差)。可能切除后稳态表达式,steady-scale方差,噪音和实验工件,和后把圣言规范化数据,总结eigensystem生成的html报告,包含其他极地情节的化验和特性,一个表的列表功能可分类的根据他们的坐标,半径和相位在极坐标图,和一个可视化的数据排序根据两个选择eigenfeatures和eigenassays彩色功能/分析注释信息时提供。这给全球的动力学表达式/强度水平,个人特性和化验的机密组织类似的监管和功能或类似的细胞状态和生物表型。

作者:Anneleen德门< daemena gene.com >,马修·布劳尔< matthejb gene.com >

维护人员:Anneleen德门< daemena gene.com >,马修·布劳尔< matthejb gene.com >

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PDF	R脚本	biosvd
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	软件,TimeCourse,可视化
版本	2.12.0
Bioconductor自	BioC 2.14 (r - 3.1)(3.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.1.0)
进口	BiocGenerics,Biobase、方法、网格图形,NMF
链接
建议
SystemRequirements
增强了
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	biosvd_2.12.0.tar.gz
Windows二进制	biosvd_2.12.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	biosvd_2.12.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/biosvd
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/biosvd/
包下载报告	下载数据