要安装这个包,启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持来源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“YAPSA”)
在大多数情况下,您根本不需要下载包存档。
Bioconductor版本:Release (3.5)
该软件包提供了在体细胞特征分析中有用的函数和例程(参见L. Alexandrov等人,Nature 2013)。特别地,提供了对已知签名进行签名分析(LCD =线性组合分解)和对分层突变目录进行签名分析(SMC =分层突变目录)的函数。
作者:Daniel Huebschmann,顾祖光,Matthias Schlesner
维护者:Daniel Huebschmann < Huebschmann。Daniel在googlemail.com>上报道
引文(从R内,输入引用(“YAPSA”)
):
要安装这个包,启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持来源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“YAPSA”)
超文本标记语言 | R脚本 | YAPSA |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | BiologicalQuestion,聚类,DNASeq,GenomicVariation,测序,软件,SomaticMutation,StatisticalMethod,可视化 |
版本 | 1.2.0 |
在Bioconductor | BioC 3.4 (R-3.3)(1年) |
许可证 | GPL-3 |
取决于 | R (>= 3.3.0),GenomicRanges,ggplot2、网格 |
进口 | lsei,SomaticSignatures,VariantAnnotation,GenomeInfoDb,reshape2,gridExtra,corrplot,dendextend,GetoptLong,circlize,gtrellis,PMCMR,ComplexHeatmap,KEGGREST, grDevices |
链接 | |
建议 | BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,testthat,BiocStyle,knitr,rmarkdown |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
全靠我 | |
进口我 | |
建议我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
源包 | YAPSA_1.2.0.tar.gz |
Windows二进制 | YAPSA_1.2.0.zip |
Mac OS X 10.11 (El Capitan) | YAPSA_1.2.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/YAPSA |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/YAPSA/ |
软件包下载报告 | 下载数据 |