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DOI:10.18129 / B9.bioc.VariantTools

变量调用的探索性分析工具

Bioconductor版本:Release (3.5)

使用过滤器探索、诊断和比较变量调用。

作者:Michael Lawrence, Jeremiah Degenhardt, Robert Gentleman

维护者:Michael Lawrence

安装

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文档

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PDF	R脚本	VariantTools简介
PDF		包
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneticVariability，遗传学，测序，软件
版本	1.18.1
在Bioconductor	BioC 2.11 (R-2.15)(5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	S4Vectors(> = 0.9.25),IRanges(> = 1.99.2),GenomicRanges(> = 1.17.7),VariantAnnotation(>= 1.11.16)，方法
进口	Rsamtools(> = 1.17.6),BiocGenerics，Biostrings平行,GenomicFeatures(> = 1.17.13),矩阵，rtracklayer(> = 1.25.3),BiocParallel，GenomeInfoDb，BSgenome，Biobase
链接
建议	RUnit，LungCancerLines(> = 0.0.6),RBGL，图，gmapR(> = 1.13.4)
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我	HTSeqGenie
建议我	VariantToolsData
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	VariantTools_1.18.1.tar.gz
Windows二进制	VariantTools_1.18.1.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	VariantTools_1.18.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/VariantTools
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/VariantTools/
软件包下载报告	下载数据