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doi：10.18129/b9

过滤编码和非编码遗传变体

生物导体版本：版本（3.5）

使用不同标准，例如遗传模型，氨基酸变化后果，人群中的次要等位基因频率，剪接部位的强度，保护等等过滤遗传变异。

作者：Robert Castelo [AUT，CRE]，Dei Martinez Elurbe [CTB]，Pau Puigdevall [CTB]

维护者：Robert Castelo

安装

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文档

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browsevignettes（“ variantFiltering”）

PDF	R脚本	变体滤波器：滤波器编码和非编码遗传变体
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	注解，，，，遗传学，，，，高通量序列，，，，homo_sapiens，，，，SNP，，，，测序，，，，软件
版本	1.12.2
在生物导体中	Bioc 2.14（R-3.1）（3。5年）
执照	艺术2.0
要看	r（> = 3.0.0），方法，生物基因（> = 0.13.8），变体（> = 1.13.29）
进口	utils，DBI，，，，rsqlite（> = 1.0.0），生物酶，，，，S4VECTORS（> = 0.9.25），iranges（> = 2.3.23），rbgl，，，，图形，，，，AnnotationDbi，，，，生物比较，，，，生物弦（> = 2.33.11），GenomeInfodB（> = 1.3.6），基因组机（> = 1.19.13），总结性特征，，，，GenomicFeatures，，，，rsamtools（> = 1.17.8），BSGENOME，，，，GVIZ，，，，闪亮的，，，，GenomicsCores
链接	S4VECTORS，，，，iranges，，，，xvector，，，，生物弦
建议	运行，，，，生物使用，，，，org.hs.eg.db，，，，bsgenome.hsapiens.1000genomes.hs37d5，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg19，，，，snplocs.hsapiens.dbsnp144.grch37，，，，mafdb.1kgenomes.phase1.hs37d5，，，，phastcons100way.ucsc.hg19，，，，polyphen.hsapiens.dbsnp131，，，，sift.hsapiens.dbsnp137
系统要求
增强
URL	https://github.com/rcastelo/variantfiltering
BugReports	https://github.com/rcastelo/variantfiltering/issues
取决于我	mafdb.1kgenomes.phase1.hs37d5，，，，mafdb.1kgenomes.phase3.hs37d5，，，，mafdb.esp6500si.v2.ssa137.grch38，，，，mafdb.esp6500si.v2.ssa137.hs37d5，，，，mafdb.exac.r0.3.1.snvs.hs37d5，，，，mafdb.exac.r1.0.hs37d5，，，，mafdb.exac.r1.0.nontcga.hs37d5，，，，mafdb.gnomad.r2.0.1.hs37d5，，，，mafdb.gnomadex.r2.0.1.hs37d5
进口我
建议我
构建报告

包装档案

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源包	variantFiltering_1.12.2.2.tar.gz
Windows二进制	VariantFiltering_1.12.2.2.zip（32-和64位）
Mac OS X 10.11（El Capitan）	variantFiltering_1.12.2.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/variantfiltering
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/variantfiltering/
软件包下载报告	下载统计