##尝试http：//如果不支持https：// url source（“https://biocondudard.org/bioclite.r”）Bioclite（“VariantAnnotation”）

DOI：10.18129 / b9.bioc.variantannotation

遗传变异的注释

Bioconductor版本：释放（3.5）

注释变体，计算氨基酸编码变化，预测编码结果。

作者：Valerie Obenchain [Aut，Cre]，Martin Morgan [Aut]，Michael Lawarence [Aut]，Stephanie Gogarten [CTB]

维护者：Valerie Obenchain

安装

要安装此包，请启动R并输入：

##尝试http：//如果不支持https：// url source（“https://biocondudard.org/bioclite.r”）Bioclite（“VariantAnnotation”）

文件

要查看系统中安装此包版本的文档，请启动r并输入：

BROWSEVIGNETTES（“Variantannotation”）

PDF.	r script.	1. VariantAnnotation介绍
PDF.	r script.	2.使用FilterVCF从VCF文件中选择Variants
PDF.		参考手册
文本		消息
视频		阅读VCF数据

细节

Biocviews.	注解那DataImport.那遗传学那SNP.那测序那软件那VariantAnnotation.
版本	1.22.3.
在生物导体中以来	BIOC 2.9（R-2.14）（6年）
执照	艺术-2.0
依靠	R（> = 2.8.0），方法，生物根系（> = 0.15.3），Genomeinfodb.（> = 1.11.4），Genomicranges.（> = 1.27.6），概括分析（> = 1.5.3），RSAMTOOLS.（> = 1.23.10）
进口	Utils，DBI.那Zlibbioc那BioBase.那S4Vectors.（> = 0.13.13），绞喉（> = 2.3.25），xvector.（> = 0.5.6），生物仪器（> = 2.33.5），annotationdbi.（> = 1.27.9），bsgenome.（> = 1.37.6），rtracklayer.（> = 1.25.16），基因组法（> = 1.27.4）
链接到	S4Vectors.那绞喉那xvector.那生物仪器那RSAMTOOLS.
建议	运行那annotationhub.那bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19.那txdb.hsapiens.ucsc.hg19.knowngene.那snplocs.hsapiens.dbsnp.20101109那sift.hsapiens.dbsnp132那sift.hsapiens.dbsnp137那polyphen.hsapiens.dbsnp131那Snpstats.那ggplot2.那生物焦
系统要求
加强
URL.
取决于我	AmpliqueSo.那cgdv17.那CNVRD2.那Deepsnv.那doqtl.那Ensemblvep.那GenotyPeeval.那GoogleGenomics.那Helloranges.那htseqgenie.那myvariant.那polyphen.hsapiens.dbsnp131那pur那r453plus1toolbox.那Rarevariantvis.那r那sift.hsapiens.dbsnp132那sift.hsapiens.dbsnp137那Somaticsignatures.那变型滤波器那Varianttools.那Varianttoolsdata.
进口我	等位基因矛纪那BadregionFinder.那Bbcanalyzer.那Biovizbase.那宇宙.67那Customprodb.那funcisnp.那Ga4ghclient.那GenBankr.那基因组夫妇那GGBIO.那GGTools.那GMAPR.那gqtlstats.那Gwascat那ldblock.那Madseq.那母服从那甲烷分析那MotifBreakr.那mutationalpatterns.那PGA.那SEQARRAY.那SEQVARTOOLS.那签收那斯文那Systempiper.那TVTB.那耶稣
建议我	annotationhub.那Ashkenazimsonchr21.那Cellbaser.那Crisprvariants.那Genomicranges.那基因组织那geuvadistranscriptexpr.那GMRP.那Gwastools.那Podkat.那TrackViewer.那三重奏那vtpnet.
建立报告

包档案包

跟随bob 体育网址 在r会话中使用此包的说明。

源包	Variantannotation_1.22.3.tar.gz.
Windows二进制文件	VariantAnnotation_1.22.3.zip.（32-＆64位）
Mac OS x 10.11（El Capitan）	Variantannotation_1.22.3.tgz.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/variantannotation
包短网址	http://biocidodder.org/packages/variantannotation/
包裹下载报告	下载统计信息