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DOI:10.18129 / B9.bioc.VanillaICE

高通量基因序列的隐马尔可夫模型

Bioconductor版本:版本(3.5)

隐马尔可夫模型描述染色体改变的高吞吐量SNP数组。

作者:罗伯特Scharpf < rscharpf jhu.edu >,凯文•Scharpf和Ingo Ruczinski < Ingo jhsph.edu >

维护人员:罗伯特Scharpf < rscharpf jhsph.edu >

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PDF	R脚本	crlmmDownstream
PDF	R脚本	VanillaICE装饰图案
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文本		新闻

细节

biocViews	CopyNumberVariation,软件
版本	1.38.0
Bioconductor自	BioC 2.1 (r - 2.6)(10年)
许可证	LGPL-2
取决于	R (> = 3.0.0),BiocGenerics(> = 0.13.6),GenomicRanges(> = 1.27.6),SummarizedExperiment(> = 1.5.3)更正
进口	Biobase,S4Vectors(> = 0.9.25),IRanges(> = 1.14.0),oligoClasses(> = 1.31.1),foreach,matrixStats,data.table、网格晶格、方法、GenomeInfoDb(> = 1.11.4),crlmm、工具、统计、跑龙套,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg18
链接
建议	RUnit,SNPchip,human610quadv1bCrlmm,ArrayTV
SystemRequirements
增强了	doMC,doMPI,doSNOW,doParallel,doRedis
URL
取决于我	MinimumDistance
进口我
建议我	CNPBayes,oligoClasses
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	VanillaICE_1.38.0.tar.gz
Windows二进制	VanillaICE_1.38.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	VanillaICE_1.38.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/VanillaICE
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/VanillaICE/
包下载报告	下载数据