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DOI:10.18129 / B9.bioc.Uniquorn

基于加权突变或变分指纹的癌细胞系鉴定

Bioconductor版本:Release (3.5)

用癌细胞的小变异指纹识别癌细胞系。癌症细胞系的错误识别和交叉污染是癌症研究人员面临的重大挑战。识别是至关重要的，在这个包的框架下，基于体细胞和种系突变或变异的位置或位点。输入格式为vcf，文件必须包含一个癌症细胞系样本。所实现的方法针对下一代全外显子组和全基因组dna测序技术进行了优化。RNA-seq数据很可能同样有效，但还没有经过严格的测试。Panel-seq将需要手动调整阈值。

作者:Raik Otto

维护者:'Raik Otto' < Raik。奥托在hu-berlin.de>

安装

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文档

超文本标记语言	R脚本	装饰图案的标题
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ExomeSeq，软件，StatisticalMethod，WholeGenome
版本	1.4.2
在Bioconductor	BioC 3.3 (R-3.3)(1.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.4)
进口	DBI，stringr，RSQLite，R.utils，WriteXLS统计数据,BiocParallel
链接
建议	testthat，knitr，rmarkdown，BiocGenerics，RUnit
SystemRequirements
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包档案

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源包	Uniquorn_1.4.2.tar.gz
Windows二进制	Uniquorn_1.4.2.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	Uniquorn_1.4.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Uniquorn
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/Uniquorn/
软件包下载报告	下载数据