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安装这个包,开始R和输入:
# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“TVTB”)
在大多数情况下,您不需要下载包存档。
TVTB
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DOI:10.18129 / B9.bioc.TVTB
TVTB: VCF工具箱
Bioconductor版本:版本(3.5)
包过滤提供了S4类和方法,总结和想象遗传变异VCF中存储的数据文件。特别是,包扩展了FilterRules类(S4Vectors包)来定义新闻类的过滤规则适用于各种插槽的VCF对象。功能集成,并演示了在一个闪亮的一点,闪亮的变体Explorer (tSVE)。
作者:凯文Rue-Albrecht (aut (cre)
维护人员:凯文Rue-Albrecht < kevinrue67 gmail.com >
从内部引用(R,回车引用(“TVTB”)):
安装
安装这个包,开始R和输入:
# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“TVTB”)
文档
| HTML | R脚本 | 介绍TVTB |
| HTML | R脚本 | 闪亮的变体的探险家 |
| HTML | R脚本 | VCF过滤规则 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | 对齐,报道,DNASeq,DataImport,DataRepresentation,GUI,GeneticVariability,遗传学,GenomicVariation,MultipleComparison,SequenceMatching,测序,软件,VariantAnnotation,可视化,WholeGenome |
| 版本 | 1.2.0 |
| Bioconductor自 | BioC 3.4 (r - 3.3)(1年) |
| 许可证 | 艺术- 2.0 |
| 取决于 | R(> = 3.4)、方法、效用,统计数据 |
| 进口 | AnnotationFilter,BiocGenerics(> = 0.19.1),BiocParallel,Biostrings,ensembldb,ensemblVEP,GenomeInfoDb,GenomicRanges,GGally,ggplot2,Gviz,limma,IRanges(> = 2.7.1),reshape2,Rsamtools,S4Vectors(> = 0.11.11),SummarizedExperiment,VariantAnnotation(> = 1.19.9) |
| 链接 | |
| 建议 | EnsDb.Hsapiens.v75(> = 0.99.7),闪亮的(> = 0.13.2.9005),DT(> = 0.1.67),rtracklayer,BiocStyle(> = 2.1.23),knitr(> = 1.12),rmarkdown,testthat,covr,老鸨 |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/kevinrue/TVTB |
| BugReports | https://github.com/kevinrue/TVTB/issues |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | TVTB_1.2.0.tar.gz |
| Windows二进制 | |
| Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦) | TVTB_1.2.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/TVTB |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/TVTB/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
