##尝试http：//如果不支持https：// url不支持源（“ //www.anjoumacpherson.com/bioclite.r”）bioclite（“ tronco”）

doi：10.18129/b9.bioc.tronco

Tronco，R Translational肿瘤学的R包

生物导体版本：版本（3.5）

TRONCO（转化肿瘤学）R软件包通过Suppes-Bayes因果网络的方法收集算法以推断进展模型，包括来自肿瘤的合奏（横截面样品）和单个患者（多区域或单细胞样本））。该软件包提供了处理二进制矩阵的算法的并行实现，其中每一行代表肿瘤样品，每列是单核苷酸或驱动进展的结构变体；0/1值模拟了样品中该改变的不存在/存在。该工具可以从普通，MAF或GISTOR格式文件中导入数据，并可以从癌症基因组学的CBIOPORTAL中获取数据。提供了用于数据操作和可视化的功能，以及将此类数据导入/导出到其他生物信息学工具的功能，例如，共同排斥更改的聚类或检测。可以通过自举和交叉验证对推断模型进行可视化和测试。Tronco用于实施癌症推理的管道（野餐）。

作者：Marco Antoniotti [CTB]，Giulio Caravagna [AUT，CRE]，Luca de Sano [Aut]，Alex Graudenzi [Aut]，Giancarlo Mauri [CTB]

维护者：bimib group

安装

要安装此软件包，请启动R并输入：

##尝试http：//如果不支持https：// url不支持源（“ //www.anjoumacpherson.com/bioclite.r”）bioclite（“ tronco”）

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Tronco”）

PDF	R脚本	转化肿瘤学的R软件包
PDF		参考手册
文本		消息
文本		执照

细节

生物浏览	贝叶斯，，，，生物医学信息学，，，，聚类，，，，DataImport，，，，GraphandNetwork，，，，网络，，，，网络引导，，，，Singlecell，，，，软件，，，，somaticmmut
版本	2.8.2
在生物导体中	Bioc 3.1（R-3.2）（2。5年）
执照	文件许可证
要看	R（> = 3.4）
进口	Bnlearn，，，，rgraphviz，，，，gtools， 平行，foreach，，，，多帕尔，，，，迭代器，，，，rcolorbrewer，，，，循环，，，，CGDSR，，，，Igraph， 网格，栅格，，，，Xtable，，，，gtable，，，，秤，，，，r.matlab，，，，GraphD，grdevices，图形，统计，utils，方法
链接
建议	生物基因，，，，生物使用，，，，测试，，，，尼特
系统要求
增强
URL	https://sites.google.com/site/troncopackage/
BugReports	https://github.com/bimib-disco/tronco
取决于我
进口我
建议我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	tronco_2.8.2.tar.gz
Windows二进制	tronco_2.8.2.zip
Mac OS X 10.11（El Capitan）	tronco_2.8.2.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/tronco
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/tronco/
软件包下载报告	下载统计