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DOI:10.18129 / B9.bioc.SummarizedExperiment

SummarizedExperiment容器

Bioconductor版本:Release (3.5)

summarizeexperiment容器包含一个或多个测试，每个测试都由数字或其他模式的类似矩阵的对象表示。行通常表示感兴趣的基因组范围，列表示样本。

作者:马丁·摩根，瓦莱丽·奥本chain，吉姆·赫斯特，Hervé Pagès

维护者:Bioconductor Package维护者< Maintainer at Bioconductor .org>

安装

要安装这个包，启动R并输入:

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文档

超文本标记语言	R脚本	SummarizedExperiment
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释，报道，遗传学，GenomeAnnotation，基础设施，测序，软件
版本	1.6.5
在Bioconductor	BioC 3.2 (R-3.2)(2年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(>= 3.2)，方法，GenomicRanges(> = 1.27.22),Biobase，DelayedArray(> = 0.1.9)
进口	效用，统计，工具，矩阵，BiocGenerics(> = 0.15.3),S4Vectors(> = 0.13.13),IRanges(> = 2.7.2),GenomeInfoDb(> = 1.11.4)
链接
建议	注释，AnnotationDbi，hgu95av2.db，GenomicFeatures，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，BiocStyle，knitr，rmarkdown，消化，jsonlite，rhdf5，HDF5Array(> = 1.4.8),气道，RUnit
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我	气道，AllelicImbalance，anamiR，BiSeq，bsseq，clusterExperiment，coseq，csaw，cydar，DaMiRseq，deepSNV，DESeq2，DEXSeq，DiffBind，diffHic，DREAM4，dsQTL，ENmix，epigenomix，EventPointer，ExpressionAtlas，裂变，GenoGAM，GenomicAlignments，GenomicFiles，genoset，geuvPack，GRmetrics，HelloRanges，InteractionSet，感兴趣，isomiRs，JunctionSeq，桅杆，工商管理硕士，methylPipe，minfi，parathyroidSE，重新计票，REMP，RIPSeeker，rqt，sampleClassifierData，司康饼，scRNAseq，SGSeq，simulatorZ，soGGi，VanillaICE，VariantAnnotation，山药，yriMulti
进口我	ALDEx2，高山，anamiR，BBCAnalyzer，biotmle，biovizBase，BiSeq，BUMHMM，ChIPpeakAnno，CNPBayes，COSMIC.67，DChIPRep，debrowser，反编排，easyRNASeq，EnrichmentBrowser，ensemblVEP，epivizrData，erma，FourCSeq，GGBase，ggbio，gQTLBase，gQTLstats，GreyListChIP，gwascat，HTSeqGenie，理想的，IHWpaper，ImpulseDE2，M3D，MADSEQ，methyAnalysis，MethylAid，methylumi，MinimumDistance，MoonlightR，msgbsR，MultiAssayExperiment，MultiDataSet，multiOmicsViz，MutationalPatterns，MWASTools，NADfinder，oligoClasses，pcaExplorer，PureCN，R453Plus1Toolbox，RaggedExperiment，RareVariantVis，readat，regionReport，regsplice，rgsepd，咆哮，scDD，semisup，SeqArray，SNPchip，SNPhood，SVAPLSseq，systemPipeR，TCGAbiolinks，TCGAbiolinksGUI，TCGAWorkflowData，TCseq，ToPASeq，TSRchitect，TVTB，VariantFiltering
建议我	AnnotationHub，biobroom，biotmleData，epivizr，esetVis，GenomicRanges，globalSeq，HDF5Array，interactiveDisplay，pathprint，pathprintGEOData，podkat，RiboProfiling，飞溅
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	SummarizedExperiment_1.6.5.tar.gz
Windows二进制	SummarizedExperiment_1.6.5.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	SummarizedExperiment_1.6.5.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SummarizedExperiment
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SummarizedExperiment/
软件包下载报告	下载数据