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DOI:10.18129 / B9.bioc.SpidermiR

SpidermiR: R / Bioconductor包与microrna的综合网络分析数据

Bioconductor版本:版本(3.5)

SpidermiR的目的是:我从GeneMania)促进开放获取网络数据检索数据,2)准备的数据使用适当的基因命名法,3)集成的microrna的数据在一个特定的网络,(四)提供不同的标准分析和v)允许用户可视化结果。的包提供了多种方法详细查询,准备和下载网络数据(GeneMania)和集成验证和预测microrna的数据(mirWalk、miR2Disease miRTar, miRTarBase,德娄·米兰多拉,Pharmaco-miR,戴安娜,米兰达,PicTar和TargetScan)和使用标准的分析(igraph)和可视化方法(networkD3)。

作者:克劳迪娅静脉Antonio Colaprico Alex Graudenzi Gloria Bertoli,蒂亚戈席尔瓦,Catharina奥尔森,Houtan Noushmehr,蒋禄卡波特米,伊莎贝拉吉安卡洛毛里,卡斯蒂格利奥尼

维护人员:克劳迪娅静脉<克劳迪娅。静脉在ibfm.cnr.it >

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PDF	R脚本	SpidermiR例子
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文本		新闻

细节

biocViews	GeneRegulation,网络,软件,microrna的
版本	1.7.4
Bioconductor自	BioC 3.3 (r - 3.3)(1.5年)
许可证	GPL (> = 3)
取决于	R (> = 3.0.0)
进口	networkD3,httr,igraph,跑龙套,统计数据,miRNAtap,miRNAtap.db,AnnotationDbi,org.Hs.eg.db,ggplot2,gridExtra,gplotsgrDevices,晶格,latticeExtra,visNetwork,TCGAbiolinks,gdata
链接
建议	BiocStyle,knitr,rmarkdown,testthat,devtools,roxygen2
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/claudiacava/SpidermiR
BugReports	https://github.com/claudiacava/SpidermiR/issues
取决于我
进口我	StarBioTrek
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	SpidermiR_1.7.4.tar.gz
Windows二进制	SpidermiR_1.7.4.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	SpidermiR_1.7.4.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SpidermiR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SpidermiR/
包下载报告	下载数据