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DOI:10.18129 / B9.bioc.ShortRead

FASTQ输入和操作

Bioconductor版本:版本(3.5)

这个方案实现了采样、迭代和FASTQ文件的输入。军售计划包括函数过滤和削减读取,并生成一个质量评估报告。数据被表示为DNAStringSet-derived对象,很容易操纵的多样性的目的。包还包含遗留支持早期的单头,ungapped对齐格式。

作者:马丁·摩根,迈克尔·劳伦斯,西蒙安德斯

维修工:Bioconductor包维护者<维护者bioconductor.org >

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PDF	R脚本	介绍ShortRead
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文本		新闻

细节

biocViews	DataImport,质量控制,测序,软件
版本	1.34.2
Bioconductor自	BioC 2.3 (r - 2.8)(9年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	BiocGenerics(> = 0.22.1),BiocParallel,Biostrings(> = 2.37.1),Rsamtools(> = 1.21.4),GenomicAlignments(> = 1.5.4)
进口	Biobase,S4Vectors(> = 0.13.8),IRanges(> = 2.3.7),GenomeInfoDb(> = 1.1.19),GenomicRanges(> = 1.21.6),hwriter、方法、zlibbioc,晶格,latticeExtra
链接	S4Vectors,IRanges,XVector,Biostrings
建议	BiocStyle,RUnit,biomaRt,GenomicFeatures,yeastNagalakshmi
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	chipseq,EatonEtAlChIPseq,EDASeq,girafe,HTSeqGenie,诊断,OTUbase,Rqc,rSFFreader,segmentSeq,systemPipeR
进口我	ArrayExpressHTS,basecallQC,击败,chipseq,ChIPseqR,ChIPsim,dada2,easyRNASeq,哥特,电离,metagenomeFeatures,QuasR,R453Plus1Toolbox,RSVSim
建议我	BiocParallel,CSAR,DBChIP,GenomicAlignments,Genominator,HiCDataLymphoblast,图片,平,Repitools,RnaSeqTutorial,Rsamtools,S4Vectors,yeastRNASeq
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	ShortRead_1.34.2.tar.gz
Windows二进制	ShortRead_1.34.2.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	ShortRead_1.34.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ShortRead
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ShortRead/
包下载报告	下载数据