要安装这个包,启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“SeqArray”)
在大多数情况下,您根本不需要下载包存档。
Bioconductor版本:Release (3.5)
数千个个体的全基因组测序变异调用的大数据管理:基因型数据(如snv、indes和结构变异调用)和SeqArray文件中的注释以面向数组和压缩的方式存储,使用R编程语言进行高效的数据访问。
作者:郑秀文[aut, cre], Stephanie Gogarten [aut], David Levine [ctb], Cathy Laurie [ctb]
维护者:郑秀文
引文(从R内,输入引用(“SeqArray”)
):
要安装这个包,启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“SeqArray”)
超文本标记语言 | R脚本 | R集成 |
超文本标记语言 | R脚本 | SeqArray数据格式和访问 |
超文本标记语言 | SeqArray概述 | |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | DataRepresentation,遗传学,基础设施,测序,软件 |
版本 | 1.16.1 |
在Bioconductor | BioC 2.12 (R-3.0)(4.5年) |
许可证 | GPL-3 |
取决于 | R (>= 3.3.0),gdsfmt(> = 1.10.1) |
进口 | 方法、并行S4Vectors,IRanges,GenomicRanges,GenomeInfoDb,SummarizedExperiment,Biostrings,VariantAnnotation |
链接 | gdsfmt |
建议 | BiocParallel,消化,蜡笔,RUnit,Biobase,BiocGenerics,knitr,Rcpp,SNPRelate |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | http://github.com/zhengxwen/SeqArray |
BugReports | http://github.com/zhengxwen/SeqArray/issues |
全靠我 | SeqVarTools |
进口我 | 《创世纪》 |
建议我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
源包 | SeqArray_1.16.1.tar.gz |
Windows二进制 | SeqArray_1.16.1.zip(32位和64位) |
Mac OS X 10.11 (El Capitan) | SeqArray_1.16.1.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SeqArray |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/SeqArray/ |
软件包下载报告 | 下载数据 |