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DOI:10.18129 / B9.bioc.STAN

基因组状态注释包

Bioconductor版本:Release (3.5)

利用隐马尔科夫模型进行基因组分段已成为基因组启动子和增强子等注释的有效工具。STAN (genomic STate ANnotation)使用各种不同的概率分布实现(双向)隐藏Markov模型(HMMs)，它可以建模广泛的当前基因组数据(如连续的，离散的，二进制的)。STAN de novo学习并将基因组注释为给定数量的“基因组状态”。例如，“基因组状态”可能反映了不同的基因组相关的蛋白质复合物(例如。“转录状态”)或描述染色质特征的重复模式(称为“染色质状态”)。与其他工具不同的是，STAN还允许将链特异性数据(如RNA)和非链特异性数据(如ChIP)整合在一起。

作者:Benedikt Zacher, Julia Ertl, Julien Gagneur, Achim Tresch

维护者:Benedikt Zacher < Zacher at genzentrum.lmu.de>

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文档

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PDF	R脚本	基因组状态注释包
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ChIPSeq,ChipOnChip,GenomeAnnotation,HiddenMarkovModel,微阵列,RNASeq,测序,软件,转录
版本	测试盒框
Bioconductor自	BioC 3.0 (R-3.1)(3年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	方法,poilog、并行
进口	GenomicRanges,IRanges,S4Vectors,BiocGenerics,GenomeInfoDb,Gviz,Rsolnp
链接
建议	BiocStyle,gplots,knitr
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
构建报告

包档案

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源包	STAN_2.4.0.tar.gz
Windows二进制	STAN_2.4.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/STAN
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/STAN/
包下载报告	下载数据