##尝试http：//如果不支持https：// urls源（“https://biocumon.org/bioclite.r”）Bioclite（“Rsamtools”）

DOI：10.18129 / b9.bioc.rsamtools.

二进制对齐（BAM），FASTA，Variant Call（BCF）和Tabix文件导入

Bioconductor版本：释放（3.5）

此包提供“SAMTOOLS”，“BCFTOOLS”和“Tabix”实用程序的接口（请参阅“许可证”）用于操纵SAM（序列对齐/地图），FASTA，二进制变体调用（BCF）和压缩索引的选项卡分隔（塔比）文件。

作者：Martin Morgan，Herv \ E PAG \“es，Valerie Obenchain，Nathaniel Hayden

维护者：Bioconductor Package维护者

安装

要安装此包，请启动R并输入：

##尝试http：//如果不支持https：// urls源（“https://biocumon.org/bioclite.r”）Bioclite（“Rsamtools”）

文件

要查看系统中安装此包版本的文档，请启动r并输入：

BROWSEVIGNETTES（“RSAMTOOLS”）

PDF.	r script.	RSAMTOOLS的介绍
PDF.	r script.	使用samtools c库
PDF.		参考手册
文本		消息
文本		执照
视频		在Rsamtools堆积

细节

Biocviews.	结盟那覆盖范围那DataImport.那QualityControl.那测序那软件
版本	1.28.0
在生物导体中以来	BIOC 2.6（R-2.11）（7.5岁）
执照	艺术-2.0 |文件许可证
依靠	方法，Genomeinfodb.（> = 1.1.3），Genomicranges.（> = 1.21.6），生物仪器（> = 2.37.1）
进口	Utils，生物根系（> = 0.1.3），S4Vectors.（> = 0.13.8），绞喉（> = 2.3.7），xvector.（> = 0.15.1），Zlibbioc那Bitops.那生物相投
链接到	S4Vectors.那绞喉那xvector.那生物仪器
建议	基因管理那缩短（> = 1.19.10），基因组法那txdb.dmelanogaster.ucsc.dm3.ensgene.ensgene.那kegg.db.那txdb.hsapiens.ucsc.hg18.knowngene.那rnaseqdata.hnrnpc.bam.chr14.那bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19那Pasillabamsubset.那运行那生物焦
系统要求
加强
URL.	http://biocidodder.org/packages/release/bioc/html/rsamtools.html.
取决于我	ArrayExpresshts.那baalchip.那比特查那嵌合体那法典那cont那CoverageView.那exoMecopy.那exoMepeak.那genogam.那基因管理那基因组夫妇那Girafe.那GMAPR.那吉他那Helloranges.那兴趣那Leebamviews.那冰雹那甲基皮脂那mmdiff2.那onechannelgui.那Podkat.那QRQC那r3cseq.那rcade.那reqon.那RFPRED.那Ripseeker.那rnaseqmap.那SGSEQ.那缩短那Sictools.那斯文那ssviz.那Systempiper.那tarseqqc.那tbx20bamsubset.那TEQC.那Titancna.那VariantAnnotation.那波兰人
进口我	等位基因矛纪那高寒那Anufinder.那annmap.那annotationhubdata.那ArrayExpresshts.那Atacseqqc.那BadregionFinder.那Bbcanalyzer.那Biovizbase.那bsgenome.那蛋糕那卡斯珀那Cellbaser.那Cexor.那Chimeraviz那浮雕那chipexoqual.那Chippeakanno.那chipqc.那铬星座那cn.mops.那CNVPanelizer.那CNVRD2.那COMPETOOLS.那撰稿人那Crisprvariants.那CSAW.那Customprodb.那德内捷德那Dexseq.那困惑那Diffhic.那doqtl.那easyrnaseq.那edaseq.那Ensembldb.那Epigenomix.那eudysbiome.那Fourcseq.那Funchip.那funcisnp.那GCAPC.那GenegeneInter那基因组那基因管理那基因组互动那Genvisr.那GGBIO.那GGTools.那GoogleGenomics.那哥特那格雷比亚斯核糖那GUIDESEQ.那GVIZ.那Gwascat那H5VC那htseqgenie.那IMAS.那检查那Karyploter.那ldblock.那Lungcancerlines.那Madseq.那母服从那比赛那Methylkit.那马赛克那msgbsr.那核核酸那PGA.那图片那pur那QDNASEQ.那QSEA.那Quasr.那r453plus1toolbox.那Ramwas.那r那repitools.那riboprofiling那Riboseqr.那rnaprobr.那rqc.那rtracklayer.那Semmentseq.那seqplots.那Soggi.那拼接照片那Tcseq.那Tracktables.那TrackViewer.那经纪人那rissview.那Tsrchitect那TVTB.那变型滤波器那Varianttools.
建议我	annotationhub.那Bamsignals.那BaseSpacer.那生物相投那Biomvrcns.那芝加哥那吐那Genomeinfodb.那GenomicDataComons.那基因组法那Genomicranges.那geuvadistranscriptexpr.那gqtlstats.那metaseqr.那甲状旁腺那补偿那rnaseqtutorial.那SEQBIAS.那sigfuge.那SamessPeak.那飘带
建立报告

包档案包

跟随bob 体育网址 在r会话中使用此包的说明。

源包	rsamtools_1.28.0.tar.gz.
Windows二进制文件	rsamtools_1.28.0.zip.（32-＆64位）
Mac OS x 10.11（El Capitan）	rsamtools_1.28.0.tgz.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/rsamtools.
包短网址	http://biocidodder.org/packages/rsamtools/
包裹下载报告	下载统计信息