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DOI:10.18129 / B9.bioc.RTCGAToolbox

一个新工具出口TCGA流水数据

Bioconductor版本:版本(3.5)

管理数据从大型项目如癌症基因组图谱(TCGA)进一步分析是一个重要的研究项目和耗时的步骤。TCGA等努力,消防带项目,通过web服务和数据预处理数据公开门户网站,但它需要管理,为以下步骤下载并准备数据。我们开发了一个开源的和可扩展的基于R消防带预处理的数据端数据和证明其使用样本案例研究。结果表明,RTCGAToolbox可以提高数据管理TCGA研究人员感兴趣的数据。此外,它可以结合其他分析管道进行数据分析。

作者:穆罕默德凯末尔Samur

维护人员:穆罕默德凯末尔Samur < Samur jimmy.harvard.edu >

安装

安装这个包,开始R和输入:

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文档

HTML	R脚本	装饰图案的标题
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	DifferentialExpression,GeneExpression,测序,软件
版本	2.6.0
Bioconductor自	BioC 3.2 (r - 3.2)(2年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 3.2.0)
进口	方法,XML,limma(> = 3.18),生存,RCircos,data.table(> = 1.9.4),RCurl,RJSONIO
链接
建议	BiocStyle,knitr,rmarkdown,Homo.sapiens
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	CVE
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	RTCGAToolbox_2.6.0.tar.gz
Windows二进制	RTCGAToolbox_2.6.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	RTCGAToolbox_2.6.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RTCGAToolbox
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/RTCGAToolbox/
包下载报告	下载数据