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DOI:10.18129 / B9.bioc.REMP

重复的元素甲基化预测

Bioconductor版本:版本(3.5)

基于机器学习工具来预测DNA甲基化locus-specific重复元素(重新)通过学习周围的遗传和表观遗传信息。这些工具提供了全基因组和单碱基的DNA甲基化预测再保险决议难以衡量使用基于数组或sequencing-based平台,使epigenome-wide协会研究(ewa)和差异甲基化区域(DMR)分析再保险。

作者:忆南向郑(aut (cre), Lei刘(aut)(音译)(aut),沃伦·基布(aut)贾丽芳侯(aut (cph)

维护人员:忆南向郑< y-zheng northwestern.edu >

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细节

biocViews	对齐,DNAMethylation,DataImport,DifferentialMethylation,表观遗传学,GenePrediction,MethylationArray,微阵列,多通道,归一化,预处理,质量控制,测序,软件,TwoChannel
版本	1.0.7
Bioconductor自	BioC 3.5 (r - 3.4)(0.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.4),SummarizedExperiment(> = 1.1.6),minfi(> = 1.22.0),IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19,IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b2.hg19
进口	图形、统计、跑龙套、方法设置,BiocGenerics,S4Vectors,Biostrings,GenomicRanges,IRanges,BiocParallel,doParallel平行,foreach,脱字符号,kernlab,管理员,BSgenome,AnnotationHub,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,org.Hs.eg.db,嫁祸于,迭代器
链接
建议	knitr,rmarkdown,minfiDataEPIC
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/YinanZheng/REMP
BugReports	https://github.com/YinanZheng/REMP/issues
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源包	REMP_1.0.7.tar.gz
Windows二进制	REMP_1.0.7.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	REMP_1.0.7.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/REMP
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/REMP/
包下载报告	下载数据