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DOI:10.18129 / B9.bioc.RCAS

RNA中心注释系统

Bioconductor版本:Release (3.5)

RCAS是一个自动化系统，为包含转录组区域的自定义输入文件提供动态基因组注释。这些转录组区域可以是，例如，通过CLIP-Seq分析检测蛋白质-RNA相互作用、RNA修饰(别名外部性转录组)、cage -标签位置或转录组水平的任何其他目标区域集合检测到的峰值区域。RCAS被设计为高通量实验检测到的rna结合位点功能分析的报告工具。它以包含RNA结合位点基因组坐标的BED格式文件和包含通常由Ensembl和UCSC等公开数据库提供的基因组注释特征的GTF文件作为输入。RCAS在RNA结合位点的基因组坐标和基因组注释特征之间进行重叠操作，并生成深度注释摘要，例如结合位点相对于基因特征(外显子、内含子、5'/3' UTR区域、外显子-内含子边界、启动子区域和整个转录本)的分布。此外，通过检测目标转录本的集合，RCAS可以对富集基因集(由分子特征库标注)和GO术语进行功能注释表。作为蛋白质- rna相互作用分析中出现的最重要的问题之一;RCAS有一个模块，用于检测转录组目标区域富集的序列基序。可以生成HTML格式的完整交互式报告，其中包含可用于发布的交互式图形和表格。

作者:Bora Uyar [aut, cre]， Dilmurat Yusuf [aut]， Ricardo Wurmus [aut]， Altuna Akalin [aut]

维护者:Bora Uyar < Bora。Uyar在mdc-berlin.de>

安装

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文档

超文本标记语言	R脚本	装饰图案的标题
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	报道，去，GeneSetEnrichment，GeneTarget，GenomeAnnotation，MotifAnnotation，MotifDiscovery，软件，转录组
版本	1.2.0
在Bioconductor	BioC 3.4 (R-3.3)(1年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.3.0)，情节(> = 4.5.2),DT(> = 0.2),data.table，topGO，motifRG
进口	biomaRt，AnnotationDbi，GenomicRanges，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，GenomeInfoDb，Biostrings，rtracklayer，org.Hs.eg.db，GenomicFeatures，genomation(> = 1.5.5),rmarkdown(> = 0.9.5),knitr(> = 1.12.3),BiocGenerics，S4Vectors统计数据,plotrix
链接
建议	BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm9，BSgenome.Celegans.UCSC.ce10，BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3，org.Mm.eg.db，org.Ce.eg.db，org.Dm.eg.db，testthat
SystemRequirements	Pandoc (>= 1.12.3)
增强了
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包档案

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源包	RCAS_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	RCAS_1.2.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	RCAS_1.2.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RCAS
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/RCAS/
软件包下载报告	下载数据