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DOI:10.18129 / B9.bioc.QuaternaryProd

计算签署和无符号的第四纪点积得分统计因果图

Bioconductor版本:版本(3.5)

QuaternaryProd R包执行因果推理在生物网络,包括String-db等公开的网络。QuaternaryProd是一个免费的替代的商业产品,如Quiagen和Inginuity途径分析。对于一个给定的一组差异表达基因,QuaternaryProd计算上游的监管机构网络的意义通过执行因果推理使用第四纪点积得分统计(第四纪统计),三元点积得分统计(三元数据)和确切概率法。第四纪统计处理签,无符号在网络和模糊边缘。歧义出现未知的因果关系的方向时,或当源节点(如蛋白质)的边缘与冲突的迹象为相同的目标基因。另一方面,使用签署的三元统计提供了因果推理和明确的边缘。第四纪统计上的装饰图案提供了更多的细节,说明了如何使用String-db执行因果推理的一个例子。

作者:卡尔·托尼Fakhry (cre, aut),平陈(黑色),Kourosh Zarringhalam (aut,黑色)

维护人员:卡尔·托尼Fakhry < cfakhry cs.umb.edu >

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PDF	R脚本	QuaternaryProdVignette
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文本		新闻

细节

biocViews	GeneExpression,GraphAndNetwork,软件,转录
版本	1.4.0
Bioconductor自	BioC 3.3 (r - 3.3)(1.5年)
许可证	GPL (> = 3)
取决于	R (> = 3.2.0),Rcpp(> = 0.11.3)
进口
链接	Rcpp
建议	readr,org.Hs.eg.db,dplyr,stringr,knitr,fdrtool
SystemRequirements
增强了
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进口我
建议我
构建报告

包档案

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源包	QuaternaryProd_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	QuaternaryProd_1.4.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	QuaternaryProd_1.4.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/QuaternaryProd
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/QuaternaryProd/
包下载报告	下载数据