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DOI:10.18129 / B9.bioc.QuasR

在R中量化和注释短读

Bioconductor版本:Release (3.5)

这个包为短读的量化和分析提供了一个框架。它涵盖了一个完整的工作流程，从原始序列读取，比对和质量控制图的创建，到感兴趣的基因组区域的量化。

作者:Anita Lerch, Dimos Gaiditzis和Michael Stadler

维护者:Michael Stadler < Michael。斯塔德勒在fmi.ch>

安装

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文档

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browseVignettes(“QuasR”)

PDF	R脚本	类星体简介
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	对齐，ChIPSeq，报道，遗传学，MethylSeq，预处理，质量控制，RNASeq，测序，软件
版本	1.16.0
在Bioconductor	BioC 2.12 (R-3.0)(4.5年)
许可证	GPL-2
取决于	平行,GenomicRanges(> = 1.13.3),Rbowtie
进口	方法，grDevices，图形，utils，zlibbioc，BiocGenerics，S4Vectors(> = 0.9.25),IRanges，BiocInstaller，Biobase，Biostrings，BSgenome，Rsamtools(> = 1.19.38),GenomicFeatures(> = 1.17.13),ShortRead(> = 1.19.1),GenomicAlignments，BiocParallel，GenomeInfoDb，rtracklayer，GenomicFiles
链接	Rsamtools
建议	Gviz，RUnit，BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	QuasR_1.16.0.tar.gz
Windows二进制	QuasR_1.16.0.zip(64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	QuasR_1.16.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/QuasR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/QuasR/
软件包下载报告	下载数据