##尝试http://如果https:// url不支持source("//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R") biocLite("PureCN")

DOI:10.18129 / B9.bioc.PureCN

使用目标短读排序的拷贝号调用和SNV分类

Bioconductor版本:Release (3.5)

该软件包估计肿瘤纯度、拷贝数和杂合性损失(LOH)，并根据体细胞状态和克隆性对单核苷酸变异(SNVs)进行分类。PureCN设计用于靶向短读测序数据，与标准体细胞变异检测和拷贝数管道集成良好，支持不匹配正常样本的肿瘤样本。

作者:Markus Riester [aut, cre]， Angad P. Singh [aut]

维护者:Markus Riester < Markus。Riester在novartis.com>

安装

要安装这个包，开始R，然后输入:

##尝试http://如果https:// url不支持source("//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R") biocLite("PureCN")

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“PureCN”)

PDF	R脚本	PureCN概述
PDF	R脚本	快速启动和命令行使用
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	CopyNumberVariation,报道,测序,软件,VariantAnnotation,VariantDetection
版本	1.6.3
在Bioconductor公司	BioC 3.3 (R-3.3)(1.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.3)，DNAcopy,VariantAnnotation(> = 1.14.1)
进口	GenomicRanges(> = 1.20.3),IRanges(> = 2.2.1),RColorBrewer,S4Vectors,data.table， grDevices，图形，统计，效用，SummarizedExperiment,GenomeInfoDb,Rsamtools,Biostrings,rtracklayer,ggplot2,futile.logger,VGAM,刨边机,limma
链接
建议	PSCBS,RUnit,BiocStyle,BiocGenerics,knitr,getopt,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,org.Hs.eg.db
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	PureCN_1.6.3.tar.gz
Windows二进制	PureCN_1.6.3.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	PureCN_1.6.3.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/PureCN
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/PureCN/
软件包下载报告	下载数据