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DOI:10.18129 / B9.bioc.NarrowPeaks

使用函数PCA Shape-based ChIP-seq变化分析

Bioconductor版本:版本(3.5)

包应用主成分分析的功能版本(FPCA):(1)在摆动轨迹后处理数据格式,一般由通用ChIP-seq高峰调用者,通过应用FPCA超过一组的read-enriched地区(ChIP-seq峰)。这样做是为了研究可变性的山峰,或以缩短其基因组位置会计对于一个给定的比例enrichment-score概要文件之间的差异。(2)分析微分与复制多个ChIP-seq样本之间的差异。函数的narrowpeaksDiff量化不同形状,并使用霍特林的T2测试功能主成分得分确定显著差异在条件。应用程序包的拟南芥数据集描述马特奥,情歌,et al。(2015)基因组生物学:16:31。

作者:佩德罗情歌< pm12 sanger.ac。英国> Pawel Krajewski < pkra在igr.poznan.pl >

维护人员:佩德罗情歌< pm12在sanger.ac.uk >

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PDF	R脚本	NarrowPeaks装饰图案
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ChIPSeq,遗传学,测序,软件,转录,可视化
版本	1.20.0
Bioconductor自	BioC 2.10 (r - 2.15)(5.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(> = 2.10.0),样条函数
进口	BiocGenerics,S4Vectors,IRanges,GenomicRanges,GenomeInfoDb,食品及药物管理局,CSAR,ICSNP
链接
建议	rtracklayer,BiocStyle,GenomicRanges,CSAR
SystemRequirements
增强了
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取决于我
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	NarrowPeaks_1.20.0.tar.gz
Windows二进制	NarrowPeaks_1.20.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	NarrowPeaks_1.20.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/NarrowPeaks
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/NarrowPeaks/
包下载报告	下载数据