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DOI:10.18129 / B9.bioc.NGScopy

ng镜:下一代测序中拷贝数变化的检测

Bioconductor版本:Release (3.5)

NGScopy提供了检测下一代测序(NGS)中拷贝数变化的定量调用，包括全基因组测序(WGS)、全外显子组测序(WES)和靶向面板测序(TPS)。调用者可以通过染色体并行化，从而在一台计算机上使用多个处理器/核心。

作者:赵小北[aut, cre, cph]

维护者:赵小北<小北at binf.ku.dk>

安装

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文档

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PDF	R脚本	NGScopy:检测下一代测序中的拷贝数变化(用户指南)
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	CopyNumberVariation，DNASeq，ExomeSeq，测序，软件，TargetedResequencing，WholeGenome
版本	1.10.0
在Bioconductor	BioC 3.0 (R-3.1)(三年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (>= 3.1.0)
进口	方法、并行Xmisc(> = 0.2.1),rbamtools(> = 2.6.0),changepoint(> = 2.1.1)
链接
建议	RUnit，NGScopyData，GenomicRanges
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	NGScopy_1.10.0.tar.gz
Windows二进制	NGScopy_1.10.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	NGScopy_1.10.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/NGScopy
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/NGScopy/
软件包下载报告	下载数据