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DOI:10.18129 / B9.bioc.NADfinder

调用宽峰测序数据

Bioconductor版本:Release (3.5)

核仁是真核细胞细胞核内的重要结构。它是将rDNA转录成rRNA和组装核糖体的位点，也就是核糖体的生物发生。此外，核仁是许多蛋白质穿梭和接触特定的非rdna基因组位点的动态枢纽。与分离核仁相关的DNA (NAD- seq)的深度测序分析表明，特定的位点，称为核仁相关结构域(NADs)，与核仁形成频繁的三维关联。NAD-seq用于研究胚胎干细胞(ESC)分化过程中NAD的生物学功能和分布动态。在这里，我们开发了一个Bioconductor包NADfinder，用于nadseq数据的生物信息学分析，包括归一化、平滑、峰值调用、峰值修剪和注释。

作者:欧建宏，余军，Anastassiia Vertii, Paul Kaufman，朱丽华Julie

维护者:欧建宏<建宏。ou at umassmed.edu>，朱丽华<朱莉。在umassmed.edu>

安装

要安装这个包，启动R并输入:

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文档

超文本标记语言	R脚本	NADfinder装饰图案
PDF		参考手册

细节

biocViews	DNASeq，GeneRegulation，PeakDetection，测序，软件
版本	1.0.1
在Bioconductor	BioC 3.5 (R-3.4)(0.5年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于	R (>= 3.4)，BiocGenerics，IRanges，GenomicRanges，S4Vectors
进口	图形、方法基线，信号，GenomicAlignments，GenomeInfoDb，rtracklayer，SummarizedExperiment，limma，trackViewer，统计，效用
链接
建议	RUnit，BiocStyle，knitr，BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10，testthat
SystemRequirements
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	NADfinder_1.0.1.tar.gz
Windows二进制	NADfinder_1.0.1.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	NADfinder_1.0.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/NADfinder
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/NADfinder/
软件包下载报告	下载数据