# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“MMDiff2”)

DOI:10.18129 / B9.bioc.MMDiff2

统计测试ChIP-Seq数据集

Bioconductor版本:版本(3.5)

这个包检测读浓缩概要统计上显著的差异在不同ChIP-Seq样本。利用形状差异它使用内核方法(最大的差异,多党民主运动)。

作者:Gabriele Schweikert (cre, aut),大卫·郭(aut)

维护人员:Gabriele Schweikert < gschweik在staffmail.ed.ac.uk >

安装

安装这个包,开始R和输入:

# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“MMDiff2”)

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“MMDiff2”)

PDF	R脚本	介绍MMDiff2方法
PDF		参考手册

细节

biocViews	ChIPSeq,DifferentialPeakCalling,测序,软件
版本	1.4.0
Bioconductor自	BioC 3.3 (r - 3.3)(1.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.3),Rsamtools,Biobase
进口	GenomicRanges,locfit,BSgenome,Biostrings,闪亮的,ggplot2,RColorBrewer、图形、grDevices平行,S4Vectors、方法
链接
建议	MMDiffBamSubset,MotifDb,knitr,BiocStyle,BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm9
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我	MMDiffBamSubset
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	MMDiff2_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	MMDiff2_1.4.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	MMDiff2_1.4.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MMDiff2
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/MMDiff2/
包下载报告	下载数据