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DOI:10.18129 / B9.bioc.MAST

基于模型的单细胞转录组的分析

Bioconductor版本:版本(3.5)

方法和模型处理zero-inflated单细胞分析的数据。

作者:安德鲁McDavid (aut (cre),格雷格Finak (aut) Masanao Yajima (aut)

维护人员:安德鲁McDavid < Andrew_McDavid urmc.rochester.edu >

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PDF	R脚本	MAST-intro
HTML	R脚本	使用桅杆进行过滤、微分表达式MAIT细胞和基因集富集
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression,GeneExpression,GeneSetEnrichment,RNASeq,SingleCell,软件,转录组
版本	1.2.1 "
Bioconductor自	BioC 3.4 (r - 3.3)(1年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	SummarizedExperiment(> = 1.5.3)更正,R (> = 3.4)
进口	Biobase,BiocGenerics,S4Vectors,data.table,ggplot2,plyr,stringr,abind、方法、并行reshape2、统计、stats4图形,跑龙套
链接
建议	knitr,rmarkdown,testthat,lme4(> = 1.0),roxygen2(> 4.0.0),numDeriv,车,gdata,晶格,GGally,GSEABase,NMF,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,rsvd,limma,RColorBrewer
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/RGLab/MAST/
BugReports	https://github.com/RGLab/MAST/issues
取决于我
进口我	clusterExperiment
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	MAST_1.2.1.tar.gz
Windows二进制	MAST_1.2.1.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	MAST_1.2.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MAST
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/MAST/
包下载报告	下载数据