# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“LymphoSeq”)

DOI:10.18129 / B9.bioc.LymphoSeq

分析T细胞和B细胞受体的高通量测序

Bioconductor版本:版本(3.5)

这个R包进行高通量测序分析T细胞和B细胞受体的互补决定区3 (CDR3上)序列生成的自适应生物技术”ImmunoSEQ化验。它的输入来自制表符分隔值(. tsv)文件导出ImmunoSEQ分析仪。

作者:大卫·科菲< dcoffey fredhutch.org >

维护人员:大卫科菲< dcoffey fredhutch.org >

安装

安装这个包,开始R和输入:

# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“LymphoSeq”)

文档

HTML	R脚本	高通量测序分析LymphoSeq的T细胞和B细胞受体
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	对齐,MultipleSequenceAlignment,测序,软件,TargetedResequencing,技术
版本	1.4.1
Bioconductor自	BioC 3.3 (r - 3.3)(1.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.3),LymphoSeqDB
进口	data.table,plyr,dplyr,重塑,维恩图,ggplot2,ineq,RColorBrewer,circlize、网格跑龙套,统计数据,ggtree,msa,Biostrings,phangorn,stringdist,UpSetR
链接
建议	knitr,pheatmap,wordcloud,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	LymphoSeq_1.4.1.tar.gz
Windows二进制	LymphoSeq_1.4.1.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	LymphoSeq_1.4.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/LymphoSeq
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/LymphoSeq/
包下载报告	下载数据