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DOI:10.18129 / B9.bioc.KEGGgraph

KEGGgraph:图方法在R和Bioconductor KEGG通路

Bioconductor版本:版本(3.5)

KEGGGraph KEGG通路之间的接口和图形对象以及一组工具来分析,剖析这些图形和可视化。它解析定期更新KGML (KEGG XML)文件到图模型属性维护所有必要的途径。包提供的功能包括解析、图形操作、可视化等。

作者:大卫•张Jitao保罗·香农的输入

维修工:Jitao大卫张< jitao_david。张在roche.com >

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browseVignettes (“KEGGgraph”)

PDF	R脚本	KEGGgraph:应用实例
PDF	R脚本	KEGGgraph: KEGG通路图方法
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GraphAndNetwork,KEGG,通路,软件,可视化
版本	1.38.1
Bioconductor自	BioC 2.4 (r - 2.9)(8.5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 2.10.0)
进口	方法,XML(2.3 > = 0),图,跑龙套
链接
建议	Rgraphviz,RBGL,RUnit,RColorBrewer,KEGG.db,org.Hs.eg.db,hgu133plus2.db,SPIA
SystemRequirements
增强了
URL	http://www.nextbiomotif.com
取决于我	ROntoTools,SPIA
进口我	限幅器,DEGraph,EnrichmentBrowser,KEGGlincs,MetaboSignal,NCIgraph,pathview,ToPASeq
建议我	DEGraph,GenomicRanges
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	KEGGgraph_1.38.1.tar.gz
Windows二进制	KEGGgraph_1.38.1.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	KEGGgraph_1.38.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/KEGGgraph
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/KEGGgraph/
包下载报告	下载数据