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JunctionSeq
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DOI:10.18129 / B9.bioc.JunctionSeq
JunctionSeq:效用检测RNA-Seq微分外显子和Splice-Junction使用的数据
Bioconductor版本:版本(3.5)
一个实用程序的检测和可视化差外显子或Splice-Junction使用RNA-Seq数据。
作者:斯蒂芬·哈特利(aut (cre)(博士),西蒙•安德斯(cph) Alejandro雷耶斯(cph)
维修工:斯蒂芬·哈特利< JunctionSeq-contact在list.nih.gov >
从内部引用(R,回车引用(“JunctionSeq”)):
安装
安装这个包,开始R和输入:
# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“JunctionSeq”)
文档
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browseVignettes (“JunctionSeq”)
| JunctionSeq装饰图案 | ||
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 | |
| 文本 | 许可证 |
细节
| biocViews | DifferentialExpression,RNASeq,测序,软件 |
| 版本 | 1.6.0 |
| Bioconductor自 | BioC 3.3 (r - 3.3)(1.5年) |
| 许可证 | 文件许可 |
| 取决于 | R(> = 3.4.0)、方法SummarizedExperiment(> = 0.2.0) |
| 进口 | DESeq2(> = 1.10.0),statmod,Hmisc,plotrix,stringr,Biobase(> = 2.30.0),locfit,BiocGenerics(> = 0.7.5),BiocParallel,genefilter,geneplotter,S4Vectors,IRanges,GenomicRanges |
| 链接 | |
| 建议 | 质量,knitr,JctSeqData,BiocStyle |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | 开罗,pryr |
| URL | http://hartleys.github.io/JunctionSeq/index.html |
| BugReports | https://github.com/hartleys/JunctionSeq/issues |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | JctSeqData |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | JunctionSeq_1.6.0.tar.gz |
| Windows二进制 | JunctionSeq_1.6.0.zip |
| Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦) | JunctionSeq_1.6.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/JunctionSeq |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/JunctionSeq/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
