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DOI:10.18129 / B9.bioc.ImpulseDE2

纵向计数数据集的微分表达式分析

Bioconductor版本:Release (3.5)

ImpulseDE2是一种针对RNA-seq、ChIP-seq、ATAC-seq和dnasi -seq等序列实验中出现的纵向计数数据集的差分表达式算法。impulse de2基于负二项噪声模型，利用DESeq2平滑色散趋势，利用脉冲模型约束每个基因的平均表达轨迹。脉冲模型经经验证明适合环境和发育刺激后细胞的整体表达变化，因此适用于大多数细胞生物学场景。对平均表达式轨迹的约束防止了对小表达式波动的过拟合。其次，由于参数数量固定，ImpulseDE2比基于线性模型的广义微分表达式算法具有更高的统计检验能力，该算法在采样时间点超过6个时将时间拟合为类别变量。

作者:David S Fischer [aut, cre]， Fabian J Theis [ctb]， Nir Yosef [ctb]

维护者:大卫S费舍尔<大卫。费舍尔在helmholtz-muenchen.de>

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文档

超文本标记语言	R脚本	ImpulseDE2装饰图案
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	CellBasedAssays，CellBiology，DifferentialExpression，GeneExpression，测序，软件，StatisticalMethod，TimeCourse
版本	1.0.0
在Bioconductor公司	BioC 3.5 (R-3.4)(0.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于
进口	Biobase，BiocParallel，ComplexHeatmap，circlize编译器,cowplot，DESeq2，ggplot2grDevices,knitr，矩阵、方法、S4Vectors统计数据,SummarizedExperiment,跑龙套
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BugReports	https://github.com/YosefLab/ImpulseDE2/issues
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源包	ImpulseDE2_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	ImpulseDE2_1.0.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	ImpulseDE2_1.0.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/ImpulseDE2
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ImpulseDE2/
软件包下载报告	下载数据