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DOI:10.18129 / B9.bioc.HiTC

高通量染色体构象捕获分析

Bioconductor版本:Release (3.5)

HiTC包的开发是为了探索高通量的“C”数据，如5C或Hi-C。还提供了专门的R类以及用于质量控制、规范化、可视化和进一步分析的标准方法。

作者:Nicolas Servant

维护者:Nicolas Servant < Nicolas。curie.fr>的仆人

安装

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文档

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browseVignettes(类似“HiTC”)

PDF	R脚本	利用HiTC进行Hi-C数据分析
PDF	R脚本	HiTC包介绍
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	嗝，HighThroughputSequencing，测序，软件
版本	1.20.0
在Bioconductor	BioC 2.10 (R-2.15)(5.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(>= 2.15.0)，方法，IRanges，GenomicRanges
进口	Biostrings，图形，grDevices，rtracklayer，RColorBrewer，矩阵平行,GenomeInfoDb
链接
建议	BiocStyle，HiCDataHumanIMR90
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我	HiCDataHumanIMR90
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	HiTC_1.20.0.tar.gz
Windows二进制	HiTC_1.20.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	HiTC_1.20.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/HiTC
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/HiTC/
软件包下载报告	下载数据