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DOI:10.18129 / B9.bioc.HTSanalyzeR

为高通量基因代表,浓缩和网络分析屏幕

Bioconductor版本:版本(3.5)

这个包提供了类和方法代表基因集,高通量屏幕上浓缩和网络分析。基于超几何测试执行代表比例分析。浓缩的分析是基于GSEA算法PNAS(萨勃拉曼尼亚et al . 2005年)。网络分析识别丰富子网基于算法的生命网络包(Beisser et al ., 2010年生物信息学)。管道也专门为cellHTS2对象执行综合网络的高通量分析RNA干扰屏幕。用户可以建立自己的分析管道基于这个包为自己的数据集。

作者:新王< xinwang2hms gmail.com >,卡米尔Terfve < cdat2 cam.ac。英国>,约翰·c·罗斯< jcr53 cam.ac。Florian Markowetz英国>,<弗洛里安。在cruk.cam.ac.uk Markowetz >

维护人员:王鑫< xinwang2hms gmail.com >

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browseVignettes (“HTSanalyzeR”)

PDF	R脚本	主要装饰图案:高通量的基因集富集和网络分析使用HTSanalyzeR RNAi屏幕数据
PDF		参考手册

细节

biocViews	CellBasedAssays,MultipleComparison,软件
版本	2.28.0
Bioconductor自	BioC 2.7 (r - 2.12)(7年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 2.15),igraph、方法
进口	图,igraph,GSEABase,生命网络,cellHTS2,AnnotationDbi,biomaRt,RankProd
链接
建议	KEGG.db,GO.db,org.Dm.eg.db,GOstats,org.Ce.eg.db,org.Mm.eg.db,org.Rn.eg.db,org.Hs.eg.db,雪
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我	Mulder2012,phenoTest
建议我	研制
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	HTSanalyzeR_2.28.0.tar.gz
Windows二进制	HTSanalyzeR_2.28.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	HTSanalyzeR_2.28.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/HTSanalyzeR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/HTSanalyzeR/
包下载报告	下载数据