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DOI:10.18129 / B9.bioc.Gviz

沿着基因组坐标绘制数据和注释信息

Bioconductor版本:Release (3.5)

基因组数据分析需要已知基因组信息和新的实验数据的集成可视化。Gviz使用biomaRt和rtracklayer包对Ensembl和UCSC执行实时注释查询，并将其转换为网格图形包的视口中的基因/转录本结构。这将导致基因组信息与您的数据一起绘制。

作者:Florian Hahne, Steffen Durinck, Robert Ivanek, Arne Mueller, Steve Lianoglou, Ge Tan < Ge。Tan09在imperial.ac。英国>，兰斯·帕森斯， Shraddha Pai < Shraddha。Pai at utoronto.ca>

维护者:Florian Hahne < Florian。Hahne在novarti.com >

安装

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文档

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PDF	R脚本	Gviz用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	微阵列，软件，可视化
版本	1.20.0
在Bioconductor	BioC 2.10 (R-2.15)(5.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(>= 2.10.0)，方法，S4Vectors(> = 0.9.25),IRanges(> = 1.99.18),GenomicRanges(>= 1.17.20)，网格
进口	XVector(> = 0.5.7),rtracklayer(> = 1.25.13),晶格，RColorBrewer，biomaRt(> = 2.11.0),AnnotationDbi(> = 1.27.5),Biobase(> = 2.15.3),GenomicFeatures(> = 1.17.22),BSgenome(> = 1.33.1),Biostrings(> = 2.33.11),biovizBase(> = 1.13.8),Rsamtools(> = 1.17.28),latticeExtra-26年(> = 0.6),matrixStats(> = 0.8.14),GenomicAlignments(> = 1.1.16),GenomeInfoDb(> = 1.1.3),BiocGenerics(> = 0.11.3),消化(> = 0.6.8)
链接
建议	xtable，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我	biomvRCNS，chimeraviz，彗星，腰带，DMRforPairs，Pbase，Pviz
进口我	AllelicImbalance，ASpli，DMRcate，GenomicInteractions，GGtools，gwascat，InPAS，methyAnalysis，methylPipe，motifbreakR，π，平，分裂，斯坦，trackViewer，TVTB，VariantFiltering
建议我	annmap，cellbaseR，cn，位深蓝，ensembldb，GenomicRanges，interactiveDisplay，pqsfinder，QuasR，RnBeads，Single.mTEC.Transcriptomes，SplicingGraphs
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	Gviz_1.20.0.tar.gz
Windows二进制	Gviz_1.20.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	Gviz_1.20.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Gviz
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/Gviz/
软件包下载报告	下载数据