要安装这个包,启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“GeneNetworkBuilder”)

在大多数情况下,您根本不需要下载包存档。

GeneNetworkBuilder

DOI:10.18129 / B9.bioc.GeneNetworkBuilder

从ChIP-chip/ChIP-seq和Expression数据构建监管网络

Bioconductor版本:Release (3.5)

应用ChIP-chip或ChIP-seq,以及microarray或RNA-seq基因表达数据发现转录因子的直接或间接靶点。从ChIP-chip或ChIP-seq中输入一个TF的潜在靶点基因列表和基因表达结果,GeneNetworkBuilder生成该TF的调控网络。

作者:欧建宏,刘海波,Heidi A Tissenbaum, Julie Zhu

维护者:欧建宏<建宏。你在umassmed。edu>

引文(从R内,输入引用(“GeneNetworkBuilder”)):

安装

要安装这个包,启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“GeneNetworkBuilder”)

文档

超文本标记语言 R脚本 GeneNetworkBuilder装饰图案
超文本标记语言 R脚本 与BioGRID, STRING合作
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews GraphAndNetwork微阵列测序软件
版本 1.18.1
在Bioconductor BioC 2.11 (R-2.15)(5年)
许可证 GPL (>= 2)
取决于 R (>= 2.15.1),Rcpp(> = 0.9.13)
进口 plyrhtmlwidgetsRgraphvizrjsonXML
链接 Rcpp
建议 RUnitBiocGenericsRBGLknitrsimpIntLists闪亮的STRINGdb
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 GeneNetworkBuilder_1.18.1.tar.gz
Windows二进制 GeneNetworkBuilder_1.18.1.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan) GeneNetworkBuilder_1.18.1.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GeneNetworkBuilder
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/GeneNetworkBuilder/
软件包下载报告 下载数据

文档»

Bioconductor

R/凹口包和文档

支持»

请细阅发布指南.将有关Bioconductor的问题发送到以下位置之一:

  • 支持网站-询问有关Bioconductor封装的问题
  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网