# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“GEOmetadb”)

DOI:10.18129 / B9.bioc.GEOmetadb

一个编译从NCBI地理元数据

Bioconductor版本:版本(3.5)

NCBI基因表达综合(GEO)代表最大的微阵列数据的公共存储库。然而,找到感兴趣的数据可以使用当前的工具是一个挑战。GEOmetadb试图访问元数据与样品、平台和数据集更可行。这是通过所有NCBI地理元数据解析为一个SQLite数据库,可以在本地存储和查询。GEOmetadb只是一个薄包装SQLite数据库以及相关文档。最后,SQLite数据库定期更新为新数据添加到地理,可以随意下载最新的元数据。GEOmetadb纸:http://bioinformatics.oxfordjournals.org/cgi/content/short/24/23/2798。

作者:杰克朱和肖恩·戴维斯

维护人员:杰克朱< zhujack在mail.nih.gov >

安装

安装这个包,开始R和输入:

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文档

HTML	R脚本	GEOmetadb
PDF		参考手册

细节

biocViews	基础设施,软件
版本	1.36.0
Bioconductor自	BioC 2.2 (r - 2.7)(9.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	GEOquery,RSQLite
进口
链接
建议	knitr,rmarkdown,dplyr,tm,wordcloud
SystemRequirements
增强了
URL	http://gbnci.abcc.ncifcrf.gov/geo/
取决于我
进口我
建议我	antiProfilesData
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	GEOmetadb_1.36.0.tar.gz
Windows二进制	GEOmetadb_1.36.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	GEOmetadb_1.36.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GEOmetadb
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/GEOmetadb/
包下载报告	下载数据