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DOI：10.18129 / b9.bioc.eventpointer

使用结阵列和RNA-SEQ数据有效识别替代拼接事件的替代拼接事件

Bioconductor版本：释放（3.5）

EventPointer是一个R包，用于识别替代拼接事件，涉及简单（案例控制实验）或复杂的实验设计，例如时间课程实验和研究，包括配对样品。该算法可用于分析来自结阵列（Affymetrix阵列）或测序数据（RNA-SEQ）的数据。该软件返回数据。使用检测到的替代拼接事件：基因名称，事件类型（盒式磁带，替代3'，...等），基因组位置，含有（delta psi）的百分比统计显着性和增量（delta psi）所有活动。该算法可以生成一系列文件以在IGV中可视化检测到的替代拼接事件。这缓解了对标准PCR验证的结果和引物设计的解释。

作者：Juan Pablo Romero，Ander Muniategui，费尔南多卡拉佐，Ander Aramburu，Angel Rubio

维护者：Juan Pablo Romero

安装

要安装此包，请启动R并输入：

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文件

HTML.	r script.	eventPointer.
PDF.		参考手册
文本		消息

细节

Biocviews.	替代品那差异化那rnaseq.那测序那软件那转录那MRAMICRARARAY.
版本	1.0.0.
在生物导体中以来	BIOC 3.5（R-3.4）（0.5岁）
执照	艺术-2.0
依靠	r（> = 3.4），SGSEQ.那矩阵那概括分析
进口	基因组法那stringr.那Genomeinfodb.那iGraph.那大量的那nnls.那林马那MatrixStats.那RBGL.那PRODIM那图形，方法，utils，统计数据，多达齐全那Foreach.那Affxparser.那Genomicranges.那S4Vectors.
链接到
建议	kn那RAMAMAMDOW.那生物焦那运行那生物根系
系统要求
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URL.
Bugreports.	https://github.com/jpromeror/eventpointer/issues.
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包档案包

跟随bob 体育网址 在r会话中使用此包的说明。

源包	eventPointer_1.0.0.tar.gz.
Windows二进制文件	eventPointer_1.0.0.zip.
Mac OS x 10.11（El Capitan）	eventPointer_1.0.0.tgz.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/EventPointer.
包短网址	http://biocidodder.org/packages/EventPointer//
包裹下载报告	下载统计信息