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DOI:10.18129 / B9.bioc.DaMiRseq

数据挖掘RNA-seq数据:归一化、特征选择和分类

Bioconductor版本:版本(3.5)

DaMiRseq包提供了一个整洁的管道数据挖掘过程的识别转录生物标志物和利用他们分类的目的。包接受任何类型的数据作为原始计数表,并允许协变量包括发生与实验设置。一系列的功能让用户清理过滤基因组特征和样本数据,调整数据通过识别和消除不必要的变异来源(即批次和混杂因素)和选择最好的预测建模。最后,整体学习“叠加”技术应用于构建一个健壮的分类模型。每一步都包含一个检查点,用户可以利用评估数据管理的影响,通过观察诊断情节,如集群和热图、RLE箱线图,MDS或者相关情节。

作者:Mattia Chiesa < Mattia。基在hotmail.it >,Luca Piacentini

维护人员:Mattia Chiesa < Mattia。基在hotmail.it >

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PDF	R脚本	数据挖掘RNA-seq数据:归一化、特征选择和分类
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文本		新闻

细节

biocViews	分类,RNASeq,测序,软件
版本	1.0.0
Bioconductor自	BioC 3.5 (r - 3.4)(0.5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 3.4),SummarizedExperiment,ggplot2
进口	DESeq2,limma,EDASeq,RColorBrewer,股东价值分析,Hmisc,pheatmap,FactoMineR,corrplot,randomForest,e1071,脱字符号,质量,lubridate,plsVarSel,kknn,FSelector、方法、统计跑龙套、图形grDevices,reshape2
链接
建议	BiocStyle,knitr,testthat
SystemRequirements
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包档案

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源包	DaMiRseq_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	DaMiRseq_1.0.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	DaMiRseq_1.0.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DaMiRseq
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/DaMiRseq/
包下载报告	下载数据