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##尝试http://如果不支持https:// url source(“https://biocumon.org/bioclite.r”)Bioclite(“Doqtl”)

在大多数情况下,您根本不需要下载包存档。

doqtl.

DOI:10.18129 / b9.bioc.doqtl.

在小鼠中的基因分型和QTL测绘

Bioconductor版本:释放(3.5)

Doqtl是一种定量特质基因座(QTL)映射管道,专为多样性郊区小鼠和其他多父郊商扩展群体设计。包在基因分阵列中的数据中读取数据,并使用隐藏的马尔可夫模型(HMM)进行单倍型重建。然后使用来自HMM的单倍型概率来执行链接映射。当创始人序列可用时,DOQTL可以使用单倍型重建将创始人序列赋予DO基因组并执行关联映射。

作者:Daniel Gatti,Karl Broman,Andrey Shabalin,Petr Simecek

维护者:Jax.org的Daniel Gatti

引文(从R内,输入引文(“doqtl”)):

安装

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##尝试http://如果不支持https:// url source(“https://biocumon.org/bioclite.r”)Bioclite(“Doqtl”)

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BROWSEVIGNETTES(“DOQTL”)

PDF. r script. QTL使用多样性分离小鼠映射
PDF. 参考手册
文本 消息

细节

Biocviews. 遗传性遗传学HiddenmarkovModel.SNP.软件
版本 1.12.0
在生物导体中以来 BIOC 3.0(R-3.1)(3年)
执照 GPL-3
依靠 r(> = 3.0.0),bsgenome.mmusculus.ucsc.mm10Genomicranges.VariantAnnotation.
进口 注释annotationtools.生物雕BioBase.生物根系CORPCOR.多达齐全Foreach.FPC.HWRITER.绞喉迭代器蒙链qtlrel.回归RHDF5.RSAMTOOLS.运行XML.
链接到
建议 mugaexampledata.dompi.
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源包 doqtl_1.12.0.tar.gz.
Windows二进制文件 doqtl_1.12.0.zip.(32-&64位)
Mac OS x 10.11(El Capitan) doqtl_1.12.0.tgz.
源存储库 git clone https://git.biocumon.org/packages/doqtl.
包短网址 http://biocidodder.org/packages/doqtl/
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