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DOI：10.18129 / b9.bioc.doqtl.

在小鼠中的基因分型和QTL测绘

Bioconductor版本：释放（3.5）

Doqtl是一种定量特质基因座（QTL）映射管道，专为多样性郊区小鼠和其他多父郊商扩展群体设计。包在基因分阵列中的数据中读取数据，并使用隐藏的马尔可夫模型（HMM）进行单倍型重建。然后使用来自HMM的单倍型概率来执行链接映射。当创始人序列可用时，DOQTL可以使用单倍型重建将创始人序列赋予DO基因组并执行关联映射。

作者：Daniel Gatti，Karl Broman，Andrey Shabalin，Petr Simecek

维护者：Jax.org的Daniel Gatti

安装

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BROWSEVIGNETTES（“DOQTL”）

PDF.	r script.	QTL使用多样性分离小鼠映射
PDF.		参考手册
文本		消息

细节

Biocviews.	遗传性那遗传学那HiddenmarkovModel.那SNP.那软件
版本	1.12.0
在生物导体中以来	BIOC 3.0（R-3.1）（3年）
执照	GPL-3
依靠	r（> = 3.0.0），bsgenome.mmusculus.ucsc.mm10那Genomicranges.那VariantAnnotation.
进口	注释那annotationtools.那生物雕那BioBase.那生物根系那CORPCOR.那多达齐全那Foreach.那FPC.那HWRITER.那绞喉那迭代器那蒙链那qtlrel.那回归那RHDF5.那RSAMTOOLS.那运行那XML.
链接到
建议	mugaexampledata.那dompi.
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URL.	http://do.jax.org.
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包档案包

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源包	doqtl_1.12.0.tar.gz.
Windows二进制文件	doqtl_1.12.0.zip.（32-＆64位）
Mac OS x 10.11（El Capitan）	doqtl_1.12.0.tgz.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/doqtl.
包短网址	http://biocidodder.org/packages/doqtl/
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