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DOI:10.18129 / B9.bioc.DESeq

差异基因表达分析基于负二项分布

Bioconductor版本:版本(3.5)

估计variance-mean依赖在计数高通量测序数据分析和测试基于模型的微分表达式使用负二项分布

作者:西蒙•安德斯EMBL海德堡<桑德斯在fs.tum.de >

维修工:西蒙·安德斯<桑德斯在fs.tum.de >

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PDF	R脚本	分析RNA-Seq数据与“DESeq”包
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ChIPSeq,DifferentialExpression,RNASeq,圣人,测序,软件
版本	1.28.0
Bioconductor自	BioC 2.6 (r - 2.11)(7.5年)
许可证	GPL (> = 3)
取决于	BiocGenerics(> = 0.7.5),Biobase(> = 2.21.7),locfit,晶格
进口	genefilter,geneplotter、方法、质量,RColorBrewer
链接
建议	pasilla(> = 0.2.10),vsn,gplots
SystemRequirements
增强了
URL	http://www-huber.embl.de/users/anders/DESeq
取决于我	DBChIP,埃达,metaseqR,Polyfit,SeqGSEA,移行细胞癌,tRanslatome
进口我	ampliQueso,ArrayExpressHTS,DEsubs,easyRNASeq,EDASeq,埃达,gCMAP,HTSFilter,rnaSeqMap,ToPASeq
建议我	BitSeq,compcodeR,dexus,DiffBind,肘,计,genefilter,IHWpaper,oneChannelGUI,适当的,regionReport,SSPA,XBSeq
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	DESeq_1.28.0.tar.gz
Windows二进制	DESeq_1.28.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	DESeq_1.28.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DESeq
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/DESeq/
包下载报告	下载数据