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DOI:10.18129 / B9.bioc.ChIPseeker

ChIPseeker对芯片峰值注释、比较和可视化

Bioconductor版本:版本(3.5)

这个包实现函数来检索最近的基因在高峰,注释基因组区域的峰值,statstical方法估计芯片之间的重叠峰的数据集的意义,并结合地理数据库对用户比较自己的数据集与存入数据库。比较可以用来推断合作监管,因此可用于生成假设。一些可视化功能实现的报道总结峰实验,平均剖面和热图的山峰绑定TSS地区,基因组注释,距离TSS和重叠峰或基因。

作者:Guangchuang Yu (aut (cre),云颜[所有],Herve页(施),迈克尔·克鲁格(施),托马斯Schwarzl(施)

维护人员:Guangchuang于< guangchuangyu gmail.com >

安装

安装这个包,开始R和输入:

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文档

HTML	R脚本	ChIPseeker: R包芯片注释,峰值比较和可视化
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文本		新闻

细节

biocViews	注释,ChIPSeq,MultipleComparison,软件,可视化
版本	1.12.1
Bioconductor自	BioC 2.14 (r - 3.1)(3.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.3.2)
进口	AnnotationDbi,BiocGenerics,引导,剂量(> = 3.0.0),IRanges,GenomeInfoDb,GenomicRanges,GenomicFeatures,ggplot2(> = 2.2.0),gplots、图形grDevices、网格gridBase,gtools、方法、plotrix,dplyr平行,magrittr,RColorBrewer,rtracklayer,S4Vectors统计数据,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,UpSetR,跑龙套
链接
建议	clusterProfiler,ReactomePA,org.Hs.eg.db,knitr,BiocStyle,rmarkdown,testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://guangchuangyu.github.io/ChIPseeker
BugReports	https://github.com/GuangchuangYu/ChIPseeker/issues
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	ChIPseeker_1.12.1.tar.gz
Windows二进制	ChIPseeker_1.12.1.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	ChIPseeker_1.12.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ChIPseeker
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ChIPseeker/
包下载报告	下载数据